SwissModel是一款基于同源建模(Homology Modeling)的在线工具,主要用于预测蛋白质的三维结构。其操作方法可以分为以下几个步骤: 输入蛋白质序列:用户需要在SwissModel的主页(https://swissmodel.expasy.org/ )上点击“Start Modeling”,然后上传目标蛋白的FASTA序列。 搜索模板:系统会自动搜索与目标序列同源的已知结构作为...
1)质量评估:其中相似度值,即的序列同源性( sequence identity )经比对后结果在40% 以上,则待预测蛋白与模板蛋白结构可能属于同一家族,即为同源蛋白,则同源建模方法可用于预测该蛋白三维结构,预测模型可信度高。然后我们根据GMQE值(全球性模型质量估测)及QMEAN值评价同源建模的结果。GMQE值在0-1之间,越接近1则建模...
建模蛋白质三维swissmodel磺酸盐木质素 基于SWISSMODEL的蛋白质三维结构建模标题:木质素磺酸盐研究及其主要应用进展木质素磺酸盐是一种重要的天然高分子化合物,主要由木质素与磺酸盐类物质进行反应制得。由于其独特的物理化学性质,如高分子量、良好的水溶性、良好的生物相容性和环境友好性等,使得木质素磺酸盐在许多领域具...
优化构建出预测的蛋白质三维结构结果。序列结 构自动比对程序SWISS—MODEL正是采用此方法。 1.SWISS-MODEL简介司 SWISS—MODEL(http://swissm0del_expasy.org)是 一 个有注解的基于同源建模的蛋白质结构服务 器.它与专家蛋白质分析系统(ExpertProteinAn— ...
学过相关生物知识的同学都知道,蛋白质的一级结构决定了其高级结构,所以,我们可以根据已有的天然蛋白质结构对未知蛋白结构进行预测。其中最常用的方法之一就是比较建模法( comparative modeling method),即我们常听到的同源建模(Homology Modeling),而SWISS-MODEL在线网站就是一款使用同源建模法预测蛋白三维结构的网站。下面...
其中最常用的方法之一就是比较建模法( comparative modeling method),即我们常听到的同源建模(Homology Modeling),而SWISS-MODEL在线网站就是一款使用同源建模法预测蛋白三维结构的网站。下面我们就具体看一下如何使用这个在线网站进行蛋白的三维结构预测及结果解读。
基于SWISS-MODEL的蛋白质三维结构建模
蛋白质的三级结构预测可通过同源建模,反向折叠和从头预测等方法进行,但同源建模是应用最为广泛的方法.SWISS-MODEL是一个免费的蛋白质同源模建服务器.通过对比多个与μ阿片受体同属G蛋白偶联受体的视紫红质蛋白序列,选择以同源性最高的牛视紫红质蛋白1F88为模板,基于SWISS-MODEL模建了μ阿片受体的三维结构并预测了...
蛋白质的三级结构预测可通过同源建模、Threading和TOPITS等方法进行,但同源建模是应用最为广泛的方法。SWISS-MODEL正是一个基于同源建模的蛋白质结构服务器。它与ExPASy网站和DeepView程序是紧密相联系的。该文重点介绍SWISS-MODEL的提交方式、建模的步骤、结果的评估和应用程序等。关键...
蛋白质的三级结构预测可通过同源建模,反向折叠和从头预测等方法进行,但同源建模是应用最为广泛的方法.SWISS-MODEL是一个免费的蛋白质同源模建服务器.通过对比多个与μ阿片受体同属G蛋白偶联受体的视紫红质蛋白序列,选择以同源性最高的牛视紫红质蛋白1F88为模板,基于SWISS-MOD...