SnowyOwl是一个基因预测管道,使用RNA-Seq数据来训练并为基于隐马尔可夫模型(HMM)的基因预测的生成提供提示,并评估所得模型。 通过将其预测结果与三个真菌基因组中的手动策划基因模型进行比较,该管道已得到验证和简化,其结果表明,其敏感性和选择性比以前的基因预测值有了实质性的提高。 通过重复运行具有不同输入参数的...
目的筛选结直肠癌预后相关免疫基因并构建预后预测模型.方法从ImmPort数据库中收集免疫相关基因.来自The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库的Colon adenocarcinoma(COAD)数据集用于识别预后基因特征并构建预后生存预测模型,该特征在来自Gene Expression Omnibus(GEO)数据集中得到验证.进行基因功能富集分析.结果差异表达分析共得到...
基于RNA-seq的基因特征筛选 (GeneSelectR) MachineLearning 31. 机器学习之基于RNA-seq的基因特征筛选 (GeneSelectR) https://mp.weixin.qq.com/s/zev46 - 桓峰基因于20240328发布在抖音,已经收获了3746个喜欢,来抖音,记录美好生活!
摘要 目的识别肝癌巨噬细胞的相关基因(Macrophage-related genes,MRGs),并构建肝癌预后风险预测模型。方法从GEO数据库中下载肝癌scRNA-seq数据,识别在巨噬细胞中特异性表达的基因作为MRGs。...展开更多 Objective The aim of this study was to identify macrophage related genes(MRGs)in liver cancer and construct ...
转录组测序‖带你入门不踩坑之第11篇 | #转录组测序 是指利用新一代高通量测序技术对组织或者细胞中所有RNA反转录成cDNA进行测序研究,全面快速获得某一特定样品特定时期的几乎所有RNA序列信息的一种分析技术,可以用于研究基因的表达量、功能、结构、可变剪接和新基因预测等。
基于单细胞 RNA-seq 和 Bulk RNA-seq 数据构建 巨噬细胞相关基因的肝癌预后风险预测模型doi:10.11904/j.issn.1002-3070.2023.05.003PURINE metabolismLIVER tumorsRISK assessmentMACROPHAGESPREDICTION modelsDESCRIPTIVE statisticsGENESRNAIMMUNOSUPPRESSIONDISEASE risk factors...
基于生物信息学方法分析LAGE3基因上调与结直肠癌预后及免疫浸润的关系 方法: 首先从癌症基因组图谱研究网络的PanCanAtlas出版物中下载了已标准化并去除批次效应的RNA-seq表达谱数据集.其中共包括661对结肠癌及直肠癌样本.同时从GEO数据... 吕诗卉 - 温州医科大学 被引量: 0发表: 2021年 基于RNA-seq分析美洲大蠊...
葡萄RNA-SEQ新转录本预测基因结构优化由于葡萄(Vitis spp.)基因组注释的不完善,本文以3个生长时期3种性状葡萄花器官(雌能花,雄花和两性花)为材料提取总RNA进行高通量测序,开展了葡萄新转录本发掘和已注释基因结构优化工作.获得173.41Gb高质量的过滤后的数据(clean data),发掘出839个新转录本,其中697个新转录本得到...