(otu_raw) #计算bray_curtis距离 otu.distance <- vegdist(otu) #导出表格 otu.distance1 <- as.matrix(round(otu.distance,digits = 3)) write.csv(otu.distance1,'rq_bray_curtis.csv', row.names = T) #pcoa分析 pcoa <- cmdscale (otu.distance,eig=TRUE) pc12 <- pcoa$points[,1:2] pc <...
在β多样性分析中，选取适当的距离指数至关重要。vegan包作为R语言的强力工具，支持计算包括Bray-Curtis、Jaccard在内的多种距离指数。本研究选择基于Bray-Curtis距离的PCoA分析，Bray-Curtis距离指数因其在生态学研究中的非加权特性，能精确反映群落组成差异性，助力精准描绘不同处理条件下的群落结构演变。示...