为了进一步确定关键的ARG-DEGs,我们首先对8个ARG-DEGs进行了PPI网络分析,并使用Cytoscape 3.9.0对相互作用进行了可视化(图3)。4a)。使用MCODE(图4B)和cytohuba - mcc插件(图4C)确定前5个ARG-DEGs。随后,应用LASSO(图4D)、SVM-RFE(图4E)和随机森林(图4F)筛选轮毂ARG-DEGs。最终选择四个关键的ARG-DEGs,即MMP...
使用cystoscape，它里面有各种算法。最常用的是MCC
使用STRING数据库(https://string-db.org/)绘制共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,物种设置为“Homo Sapiens”,蛋白质相互作用置信度阈值设置为0.419。使用Cytoscape 3.9.1软件进行网络拓扑分析。利用CytouHubba插件,通过MCC计算出网络中的核心目标,并从中选出前4个靶点。基因本体和京都基因与基因组百科全书...
[0102] 在Cytoscape 3.9.1软件中对筛选的109个靶点进行MCC算法检测并选择前十的靶 点,分别是Stat1、Egfr、Alb、Bcl2l1、Mtor、Casp3、Igf1、Ptgs2、Src、Hsp90aa1。 [0103] 图10是共同靶点的KEGG富集分析Top20结果图。 [0104] 对共同靶点进行KEGG富集分析并获取与瑞马唑仑和骨癌痛共同靶点最相关的前 20信号...
[0042] 1.3构建牡蛎活性肽(LRGFGNPPT)靶点‑糖尿病靶点网络及筛选核心靶点 [0043] 将1.2中获得的交集靶点上传到STRING数据库(https://string‑/), Multiple Proteins选项设置物种为:人(Homo sapiens),构建蛋白质互作网络,之后导出 蛋白互作网络原始数据,随后将原始数据导入Cytoscape软件,采用CytoHubba中MCC算法对 ...
Cytoscape是一款免费图形化显示网络并进行分析和编辑的软件,下载地址为:https://cytoscape.org/,其最新版本为Cytoscape3.7.2: OmniPath插件安装:打开Cytoscape软件,点击Apps,进入App manager: 在App manager中搜索OmniPath,点击Install进行安装: 3、OmniPath插件使用实操 ...
利用R语言统计分析GMPR在皮肤黑色素瘤中的表达情况和临床相关性;根据GMPR表达量将470例皮肤黑色素瘤患者划分为GMPR-Low组和GMPR-High组，获取差异表达基因进行GO、KEGG分析和GSEA分析;使用R包中的xGell算法进行免疫浸润分析;进而通过STRING数据构建PPI网络，使用Cytoscape软件分析HUB基因。结果:GMPR在皮肤黑色素瘤中高...
然后,将Excel表导入到Cytoscape3.9.0中,形成一个成分-靶点网络。形成了一个包含454个节点和2569个边缘的成分-靶标网络,可视化了DZXY中的147个活性化合物和248个DZXY靶基因之间的关联(图6)。网络中边数越多的节点的度值越高,节点大小...
Cytoscape: a softwareenvironment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Res. 2003;13(11:2498-2504.闫璐颖,等.随机森林滑动窗法探查类风湿疾病单核苷酸多态性及在上位显性交互研究中的应用ISSN 1673-8225 CN 21-1539/R CODEN: 36、ZLKHAH 12 Adzhubei IA, Schmidt S, Peshkin ...
摘要:本发明公开了石杉碱甲在降血糖及防治糖尿病肾病中的应用,所述应用是石杉碱甲制备降血糖及防治糖尿病肾病药物。药理学分析和生物实验结果提示石杉碱甲可有效缓解糖尿病的高血糖。此外,石杉碱甲可通过凋亡相关途径对糖尿病肾病起到一定的保护作用。研究结果为石杉碱甲的降血糖作用和糖尿病肾病的治疗提供了理论...