这个数据库是科学家们进行噬菌体研究和分析的重要工具,可以帮助他们了解不同类型噬菌体的特征和功能,以及它们在宿主细菌中的相互作用。 噬菌体分类数据库的作用是什么? 噬菌体分类数据库的主要作用是帮助科学家们对噬菌体进行分类和命名。通过对噬菌体序列数据的收集、整理和比对,数据库可以根据噬菌体之间的遗传关系和...
1.肠道噬菌体数据库(GPD)的建立 本研究针对来自全球的28060份宏基因组和2898个肠道细菌基因组数据分析其中噬菌体序列,依托VirFinder和VirSorter有效筛选了4500万个contig。同时通过“machine-learning approach”过滤可移动遗传元件(MGE),并利用基因密度和假想蛋白质分数来区分质粒和整合性接合元件(ICE)中的噬菌体从而提高...
核心提示:PhageScope数据库为噬菌体研究提供了全新的平台,系统性地注释了超过87万个噬菌体基因组序列,结合先进的分析工具,帮助研究人员深入探索噬菌体的基因特征、宿主范围、进化动态及其在抗菌治疗中的潜力。 PhageScope:推动噬菌体研究的新平台: PhageScope是一个创新的在线噬菌体数据库,旨在提供全面且精确的噬菌体基因...
为此我们构建了一个肠道噬菌体数据库：GPD，该数据可访问地址：http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/metagenomics/genome_sets/gut_phage_database/ 通过分析28060个全球分布的人类肠道宏基因组和2898个培养肠道细菌参考基因组的数据集，构建了一个包含142809个非冗余噬菌体基因组(>10 kb)的集合。图 开发...
① 分析全球28060个人肠道宏基因组和2898个肠道细菌参考基因组,获得约14.2万个人肠道噬菌体基因组,建立肠道噬菌体数据库(GPD),鉴定出2.1万个病毒群(VC,近似于属水平),大大扩展了肠道噬菌体的多样性;② 噬菌体宿主分析显示,厚壁菌门细菌的噬菌体多样性最高,且约36%的VC有不止一种细菌宿主;③ 肠道噬菌体组的类型...
更重要的一点是,病毒宏基因组学方法存在许多明显的瑕疵,它阻碍了我们对噬菌体群落的进一步认知。比如: 难以区分真正的病毒序列和细菌DNA污染、DNA扩增偏差;现有病毒数据库不足,无法分类分配大多数序列(“病毒暗物质”);以及缺乏噬菌体宿主范围和感染周期类型的信息。
1.肠道噬菌体数据库(GPD)的建立 本研究针对来自全球的28060份宏基因组和2898个肠道细菌基因组数据分析其中噬菌体序列,依托VirFinder和VirSorter有效筛选了4500万个contig。同时通过“machine-learning approach”过滤可移动遗传元件(MGE),并利用基因密度和假想蛋白质分数来区分质粒和整合性接合元件(ICE)中的噬菌体从而提高...
Cell:迄今最大的人类肠道噬菌体基因组数据库 Cell[IF:38.637] ① 分析全球28060个人肠道宏基因组和2898个肠道细菌参考基因组,获得约14.2万个人肠道噬菌体基因组,建立肠道噬菌体数据库(GPD),鉴定出2.1万个病毒群(VC,近似于属水平),大大扩展了肠道噬菌体的多样性;② 噬菌体宿主分析显示,厚壁菌门细菌的噬菌体多样性...
从创立之初就开始瞄准细菌性疾病的青岛诺安百特生物科技有限公司(下称“诺安百特”),利用其独创的“诺安管家”服务模式,建立庞大的菌毒株库与噬菌体库。依托大数据分析和鸡尾酒疗法,设计研发相关噬菌体产品,并依靠“诺安管家”服务,不断的进行产品的升级维护,形成生产闭环。
尽管人类肠道细菌和古细菌的功能潜力已被广泛研究,但肠道噬菌体的功能潜力却鲜为人知。为了探索这一点,在本研究的 189,680 个病毒基因组中鉴定了 11,837,198 个蛋白质编码基因,每个基因至少有 20 个氨基酸(98.4% 具有起始和终止密码子),并将这些基因与 HMM 数据库进行比较,包括 KEGG55、TIGRFAM56、Pfam57、VO...