其实housekeeping gene list有几千个,这几千个基因有一定程度上的变化是有可能的。第二种是在RNA-Seq建库的过程中就掺入一些预先知道浓度和具体分子量的spike-in作为内参,然后使用内参进行矫正。这种方法能够对基因表达起到绝对定量的作用。这就是本文需要调研的ERCC的方法。 调研大纲: ERCC的介绍,ERCC的历史 ERCC的...
1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员,这些成员来源于单个基因或基因家族,是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用,但一些亚型具有独特的功能。这些高度相似的蛋白质亚型可以由可变剪切(图1)、可变启动子或单基因的其他转录后修饰形成,通常不考虑翻译后修饰。通...
建库原理 - 吴增丁 - 博客园 O网页链接 û收藏 转发 评论 ñ赞 评论 o p 同时转发到我的微博 按热度 按时间 正在加载,请稍候...查看更多 a 2434关注 1881粉丝 10529微博 微关系 他的关注(2310) 白娟_Jolie BuriedAlien Tang_Yukee 文笛2 他的粉丝(1881) Jz...
GC bias校正 为了后续生物信息分析更加准确,通常需要做GC bias的校正。 2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood提出将GC content画出bin,并算出每个GC bin里的tags number的平均值, 然后将同一个GC bin里的其它depth除以这个平均的tags nu...
拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平(microscopic)和亚显微水平(submicroscopic)。显微水平 的基因组结构变异主要是指显微镜下可见的染色体畸变, 包括 整倍体或非整倍体、缺失、插入、倒位、易位、脆性位点等结构变 异。亚微水平的...
再一次编程中意外使用了if if 也实现了 if elif的功能,所以搜索了下其中的区别: 1、if if 和 if elif 是有区别的,只是在某些情况下才会一样的效果; 2、随意使用会导致意外的错误。 现在举几个例子区别: 程序一
SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B...
来一波Illumina二代测序文库构建原理介绍。一个制备好的Illumina二代测序文库就是含有一堆双链DNA的海洋,其中每一段DNA的5‘和3’部分的序列都是固定的(adapter),而中间的序列是可以随便变化的。所以测序文库的构建就围绕着如何给未知序列的上下游加上特定的adapter而展开的。Illumina 最经典的建库原理如图1所示:首先...
DNA甲基化与肿瘤发生:DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素。这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态。如图1左所示,在正常细胞中,位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于低水平或未甲基化状态,此时抑癌基因处于正常的开放状态,抑癌基因不断表达抑制肿瘤的发生。而在肿瘤细胞中,该区域的...
公告 昵称: 吴增丁 园龄: 7年3个月 粉丝: 27 关注: 0 +加关注 < 2024年8月 > 日一二三四五六 28 29 30 31 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 1 2 3 4 5 6 7 搜索 常用链接 我的随笔 我的评论 我...