种间同源基因是指不同物种间源自共同祖先的基因集合，通过直系同源基因（orthologs）与旁系同源基因（paralogs）的精准分类，可构建物种进化关系网络。2020年复旦大学开发的PhyloMCL方法整合物种系统发育关系与染色体多倍化事件信息，在动物基因组分析中聚类准确率达83.2%，在植物基因组研究中识别准确性超90%。该基因关系的...
1、Homologs(同源基因): 来源于共同祖先的相似序列为同源序列,强调shared ancestry,即来自共同祖先的基因或蛋白,甚至性状。但是,相似序列不一定是同源序列。 co-evolution : 是在不同物种的同源序列,某一个位点发生了某种变化,为了维持之前的形状和功能,相应的位点也发生了相应的变化,这就是共进化。 直系同源基因:可...
方法一、直接查找NCBI的homologene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene 我们以TP53这个基因为例,在搜索框中输入需要查找的基因名字,这我们搜人的TP53在其他物种里面的同源基因 点击search之后会得到下面这张表,你会找到TP53在大鼠,小鼠以及其他一些物种里面的同源基因的名字 方法二、使用R包homologene 上面提...
同源重组法 同源重组法(homologous recombination)是一种基因工程技术,用于插入、修复或替换DNA序列。它是通过同源基因(homologous genes)在相同或不同染色体上发生的重组事件来实现的。同源重组法的应用广泛,包括基因敲除、基因修饰、基因治疗等。 原理 同源重组法的原理基于基因在自然界中的重组现象。在细菌和真核生物中...
同源基因是指来自同一个祖先基因的两个或多个基因。在进化过程中，基因会经过复制和变异，但有些基因的序列保持相对稳定，一直沿袭着某个共同祖先的形态。这些基因被称为同源基因。同源基因在生物体内发挥着重要作用，可以控制相关的生理过程。同源基因在生物学研究中具有重要意义。因为同源基因的序列相似度...
同源基因的类型包括以下几种: 1.单拷贝同源基因:指一个物种中只有一个与其他物种的同源基因相对应的基因。例如人类的INSR基因编码胰岛素受体,在其他物种中也存在与之相似的基因。 2.多拷贝同源基因:指一个物种中存在多个与其他物种的同源基因相对应的基因。例如人类的Hox基因在其他脊椎动物中也存在多个同源基因。 3...
点击之后,就进入MYH的直系同源基因信息页面,具体页面如下所示: 点击红框中的Download orthologues进入MYH9的直系同源基因下载界面,具体如下: 由图可知,ensembl总共支持11中格式的序列下载,分别是CLUSTALW、FASTA、Mega、MSF、Nexus、OrthoXML、Pfam、Phylip、PhyloXML、PSI、Stockholm,可以适用于不同的软件,我们选择最常规...
基因敲除是生物领域开展研究的重要手段,而同源重组是最经典、应用非常广泛的一种敲除方法。顾名思义,同源重组就是利用同源片段将目的基因截短、删除或者替换,使基因失活从而实现敲除的目的。 这里,以细菌为例,介绍用敲除质粒将基因截短的原理,过程...
基因的同源重组(homologous recombination)又叫基因打靶(gene targeting),是指外源DNA与受体细胞染色体DNA上的同源序列之间发生重组,并整合在预定的位置上,从而改变了细胞某些遗传特性的方法,重组的目的是为了敲除某个基因。 Red重组系统介绍 1.背景 敲除细菌基因的传统方法是利用RecA重组系统。RecA重组系统是大肠杆菌内源...
Mart指的是输入数据的Mart对象,由于输入数据是小鼠的基因,自然选择的Mart对象为小鼠。 attributesL代表的是我们需要同源转化的另外一个数据库,这里我们自然是由小鼠转为人,选择的就是需要连接到的人的Mart对象,在属性参数里面我们填写了三个参数,分别是gene_symbo...