生物合成基因簇(BGCs)由共定位的基因组成,协同编码特定代谢产物的合成通路。例如: • 非核糖体肽合成酶(NRPS) • 聚酮合酶(PKS) • 核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPPs) 这些生物合成基因簇(BGCs)蕴含着巨大的研究价值,因为它们合成的物质可能被用于开发新的药物、生物材料等。然而,在庞大的基因组数据中,找到...
此外,还有由联合基因组研究所(JGI)开发的综合微生物基因组生物合成基因簇图谱(IMG-ABC),曾是来自IMG微生物来源的最全面的BGCs数据集;BiG-FAM旨在利用其对应的工具BiG-SLiCE,从209,206个公开的微生物基因组中聚类BGCs,助力新型天然产物的发现;JGI推出了次级代谢协作数据库(SMC),是目前最大的BGCs信息库,涵盖了细菌...
合成基因簇 基因合成技术发展迅猛，合成基因簇作为重要工具，在微生物工程和药物研发领域广泛应用。这种技术通过人工设计多个功能基因的排列组合，让细胞具备生产特定化合物的能力，比如在酵母菌里植入完整代谢路径，就能让微生物变成药物工厂。构建合成基因簇需要系统性策略。设计阶段要像搭积木那样考虑基因顺序，把启动子、...
48 kb的目标DNA区域Sav11中含有两个“尾对尾”排列的非核糖体肽合成酶生物合成基因簇。这两个基因簇在本源菌株中受到高度抑制,研究团队通过应用ACTIMOT实现Sav11的高效动员与转移,在异源宿主Streptomyces albusDel14中成功实现了对两个目标基因簇...
大规模的基因组挖掘分析表明微生物拥有大量未经鉴定的天然产物生物合成基因簇(BGCs),其编码产物成为小分子化合物来源的巨大宝库,再次为小分子新药研发注入了新的活力。然而,这些BGCs中有90%以上在实验室条件下往往表达不足或根本不表达,因此被...
链霉菌生物合成基因簇可产生免疫调节物质。环境因素能影响生物合成基因簇的表达水平。基因簇的进化与链霉菌的生态适应性有关。部分基因簇参与合成具有除草活性的化合物。研究基因簇可挖掘新型生物催化剂。链霉菌生物合成基因簇能合成多种色素。某些基因簇产生的物质可用于防治植物病害。基因簇的遗传操作可优化生物合成产物...
Antismash是一个功能强大的生物信息学工具,它不仅能帮助我们快速识别和分析微生物基因组中的次级代谢产物合成基因簇,还能预测这些基因簇的生物合成途径。如果你正在研究抗生素、抗肿瘤药物或其他生物活性化合物,Antismash绝对值得一试。而且,它在Galaxy平台上(usegalaxy.cn)的集成,让你的操作更加简单方便,直接上传基因组数...
生物合成基因簇是一种被用于生物合成的基因簇。它们由两个或多个在生物体内本就存在的基因组成,这些基因可以产生有用的蛋白质或化合物。其中的每一个基因都可以在原有的生物体结构中找到,并可以在不同的生物体之间传递。这些基因簇可以利用生物合成技术来改变或改善一种生物体的特性,从而使其能够适应不同的环境。
当前合成基因簇预测限制较大 微生物基因组中的生物合成基因簇 (BGC) 编码具有生物活性的次级代谢物 (SM),它可以在微生物-微生物和宿主-微生物相互作用中发挥重要作用。 鉴于次级代谢物的生物学意义和当前对微生物组代谢功能的深刻兴趣,从高通量宏基因组数据中无偏见地鉴定生物合成基因簇可以为微生物群的复杂化学生...
早期研究非核糖体多肽的生物合成基因簇的方法是先进行表型筛选,明确多肽的生物活性,然后利用杂交法、突变株回补法、染色体步移法等技术克隆基因簇,即由表型到基因型。迄今为止已经克隆了超过150种微生物次级代谢产物的生物合成基因簇,其中多肽类、糖肽、脂肽类和β-内酰胺类等都主要由NRPSs负责合成[20]。这种方法耗时...