这些文件可以位于同一个目录下,也可以分散在不同的目录中。你需要收集这些文件的路径,以便后续合并操作使用。 2. 使用samtools merge命令合并BAM文件 samtools是一个广泛使用的生物信息学工具包,其中的merge命令可以用于合并已排序的BAM文件。合并之前,请确保所有待合并的BAM文件都已经按染色体位置排序。 以下是使用...
批量合并bam文件 1. 将当前目录下bam文件全部合并 # 简单快速命令 samtools merge merge.bam *.bam 2. 按指定条件合并 bam_dir = "/public/bam/" # 获取bam文件夹路径下全部bam文件 list_bams = [f for f in os.listdir(bam_dir) if f.endswith('.bam')] list_merge_bam = [] count = 1 for...
http://www.htslib.org/doc/samtools-merge.html samtools merge要求是对排序后的bam文件进行合并，生成和现在顺序一样的bam文件。需要注意的是，bam文件需要有.bai索引。或者：生成一个rg.txt的文件，并赋值给合并后的bam文件。
这样写的问题是合并的时候每个基因组对应的是120个bam文件 然后换成下面的写法 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rule samtools_merge:input:bams=expand(rules.samtools_sort.output.bam,genome=wildcards.genome,sample=SAMPLES),bai=expand(rules.samtools_index.output,genome=wildcards.genome,sa...
在y个批次的fastq文件上)生成的bam文件合并到一个单一的bam文件中。
合并BAM文件后进行变异检测 时间效率:在某些情况下,合并BAM文件可能节省时间,因为你只需要运行一次变异检测流程。 捕捉低频变异:对于低丰度的突变,合并后的深度可能更有助于检测。 数据复杂性:合并文件可能导致更复杂的数据解释,因为个体间的变异无法直接区分。
有两个必须传入的参数是输入 input_folder_or_files和 gff_file,分别是输入需要合并的bam文件和一个gff文件,而且需要是跟基因组同一版本的注释文件,不然染色体名称和长度不同,可能会报错。 输入的bam文件可以是放一个文件夹里面(这个脚本会识别这个文件夹里面所有.bam为后缀的文件),也可以是连续输入n个的bam文件,...
合并bam文件需要用到samtools,它有个选项merge可以合并bam文件。 在合并bam文件文件之前要对bam文件进行排序(注意:按read 名字排序,不是按染色体位置排序,如果按染色体位置排序是不能合并bam文件的) 具体用法: 众多选项里面我们最常用的就是 -@(给多少线程,需要根据自己服务器当时剩余内存而定),剩下选项大家有需要自...
返回沐子Wendy合并后文件 自由的Wendy 2025-02-01 22:08 投稿了视频:合并后文件点赞1评论0评论0打开App
有两个必须传入的参数是输入 input_folder_or_files和 gff_file,分别是输入需要合并的bam文件和一个gff文件,而且需要是跟基因组同一版本的注释文件,不然染色体名称和长度不同,可能会报错。 输入的bam文件可以是放一个文件夹里面(这个脚本会识别这个文件夹里面所有.bam为后缀的文件),也可以是连续输入n个的bam文件,...