其实大家应该都倾向于第二种的空间邻域分析方法,因为做了图像细胞分割的原因,对于原位数据有以下特点: 那就是细胞的分布密度不同,有的地方密度大,固定大小包含多个细胞,有的地方密度小,细胞分布就比较少了。 所有我们基于原位的数据需要优化,同时兼容像visium的数据。 我们先以visium 的数据为例,范围设置成100(注意...
2025年新年伊始,Xenium空间原位平台也正式入驻贝瑞基因,在贝瑞基因实验工程师的精心安装及专业调试后,首批Demo数据精彩亮相!Demo数据完美呈现了特定靶基因在组织中空间原位表达情况。Xenium空间原位平台以稳定又优异的数据表现为肿瘤微环境、神经科学和发育生物学等研究提供更微观、更精准地解析视角。接下来就跟着小贝壳er一...
基于CMOS 技术的新型 TEM 相机所产生的数据,其体量有可能大到无法以人工的方式去分析其中的每一帧原始数据。若我们以高时间分辨率、高空间分辨率进行数据采集,那么在一次电镜表征中就可能产生数百 GB 的原始数据,这一情形并不罕见。对此,我们面临的一个关键挑战在于如何从完整的原始数据集中搜寻并提取出包含了对我...
我们提议为个人和公司赋予新的“原位数据权”(in situ data right),并提出一种新的收益理论:赋予用户在其数据所在的场所使用它们的权利,而非从平台拿走数据,或像可携带权所表明的那样让数据“移位”;将算法带入数据,而不是将数据带到算法中。用户可以自行决定第三方“何时”、在“何种条件下”访问他们的原位数据...
单细胞+空间原位+超过6000基因近期，NanoString的科学家团队公开发布了人类额叶皮层的CosMx™ SMI单细胞空间原位数据集，供全球研究者使用。该数据集是全球首个包含6000多个基因的单细胞空间原位数据集。单细胞空间原位6K数据集CosMx Human Frontal Cortex FFPE Dataset 基于CosMx™ SMI单细胞空间原位分子成像系统，...
【研图汇】Origin教程:原位数据堆叠图绘制【研图汇】Origin教程:原位数据堆叠图绘制一日不吃心赤挠编辑于 2024年06月20日 00:30 第七分钟开始设置颜色 分享至 投诉或建议评论 赞与转发1 0 0 0 0 回到旧版 顶部登录哔哩哔哩,高清视频免费看! 更多登录后权益等你解锁...
第一类通常被称为基于成像的方法通过原位杂交(ISH)或原位测序(ISS)为选定数量的靶基因提供单分子分辨率,通常在100s-1000s的范围内。第二类被称为原位捕获方法,并在测序前将空间条形码整合到转录物上,允许整个转录组覆盖,但空间分辨率有限(例如,Visium的spot间距为100 um)。原位捕获方法的低空间分辨率使单细胞的空间...
为评估 Xenium 平台性能,研究人员分析 25 个数据集,优化分析流程,为相关研究提供指导。 探索Xenium 原位数据的奥秘:从性能评估到最佳实践 在生命科学的微观世界里,空间转录组学技术正逐渐成为揭示细胞奥秘的关键钥匙。随着多种商业化空间转录组学技术的涌现,如何选择合适的平台并制定有效的分析指南变得至关重要。Xenium...
NanoString科学家团队公开发布了8个非小细胞肺癌（NSCLC）FFPE样本的单细胞空间原位数据集，供全球研究者使用。CosMx™ SMI是一个突破性的单细胞空间原位成像系统。众所周知，真实世界FFPE样本的RNA和蛋白质往往质量较低、降解严重，因此对其进行分析极具挑战性。CosMx™ SMI系统具有简单的样本制备流程和稳定的原位...
单细胞+空间原位+超过6000基因 近期,NanoString的科学家团队公开发布了人类额叶皮层的CosMx™ SMI单细胞空间原位数据集,供全球研究者使用。该数据集是全球首个包含6000多个基因的单细胞空间原位数据集。 单细胞空间原位6K数据集 CosMx Human Frontal Cortex FFPE Dataset ...