从实验可以看出,NMC25菌株与KT2440、F113和PAO1相比,基因组更小且存在共线性的序列比例均小于50%;对于另外两株莓实假单胞菌,虽然在基因组内部存在颠换现象,3 株莓实假单胞菌的基因组更为相似,其中NMC25菌株与NRRL B-727菌株有共线性的序列达到了90%以上,但与P121菌株的共线性不足70%。 2.4 进化分析 使用...
多重耐药(MDR)或泛耐药(XDR)铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa, P.ae)在医院内引起的感染率和死亡率显著增加,这得益于P.ae具有染色体基因突变产生耐药性以及水平获得耐药性的非凡能力,这样的因素往往与流行的高危克隆有关。全基因组测序(WGS)已被证明可以用于分析P.ae的耐药性机制,包括突变抗性和水平获...
1、 金鱼源维氏气单胞菌jy01全基因组测序及生物信息分析 吴尉凤 饶秋华 柯文辉 刘洋 卓艺蓉 郑欣欣 罗土炎摘 要:維氏气单胞菌( aeromonasveronii jy01)是从福州某养殖场内金鱼烂尾、腐皮和溃疡等病灶处分离出的1株革兰氏阴性优势菌。为了解其基因组结构及功能特征,基于illuminape150和pacbio测序平台对维氏气单肥...
目的为了解虾源达卡气单胞菌的毒力、耐药基因分布和全基因组信息,并初步评估达卡气单胞菌的致病性。 方法对虾源分离株进行分子鉴定和多位点序列分型:利用B-溶血和胞外蛋白酶实验、秀丽隐杆线液体毒性实验、细胞毒实验、小鼠实验及毒力基因检测研究其致病性:通过药罐实验及耐药基因检测分析其耐药特征:利用eggnog、Prop...
摘要:铜绿假单胞菌B1-2能够有效降解天然羽毛,其全基因组序列是研究羽毛生物降解分子机理的重要基础。本研究利用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术,对铜绿假单胞菌B1-2进行全基因组测序,并使用相关软件和数据库对...
因此,本研究通过对冷鲜鸡肉中分离到的强致腐莓实假单胞菌NMC25进行全基因组测序,获得其基因组的组成和功能信息,同时与其他常见假单胞菌进行初步比较基因组分析,旨在深入了解莓实假单胞菌的基因功能与代谢特征,为明确其致腐机制、开发针对性保鲜技术提供理论基础。
Q 000000000,相似性分析显示分离菌与人源㊁食品源豚鼠气单胞菌具有高度相似性;病原毒力因子数据库(V F D B )比对显示,分离菌携带多种与黏附㊁侵入及分泌系统相关的毒力基因;耐药基因数据库(C G E )分析显示,菌株中携带7种耐药基因,部分基因与耐药表型存在不一致的现象㊂ʌ结论ɔ本试验通过全基因组...
2014,35 ( 7 ) http://jyjxxyxb.paperopen. com 铜绿假单胞菌 L C T-PA220 菌株全基因组序列测定与分析 刘超 ,苏龙翔 ,方向群 ,刘长庭 解放军总医院 南楼呼吸科 ,北京 100853 摘要 :目的 全基因组测序和分析铜绿假单胞菌 LCT—PA220 菌株,研究空间因素对细菌全基因组的影响,为宇航员的保健 奠定基础...
但是如果涉及到基因组的组装或者大量数据的比较基因组分析，就需要用到服务器了（服务器一般就是linux系统...
基因组的 比较分析.嗜水气单胞菌 XDMG 全基因组序列长 4.99 Mb,GC 含量为 60.84%,共预测到 4 935 个编码基因,有明确功能的基因有 4 137 个,发现 99 个 tRNA 和 3 个 rRNA ;4 061 个基因具有直系同源族分类,3 228 个基因与基因本体论相关,与代谢通路有关的 基因有 2 663 个 ;在嗜水气单胞菌 ...