aes(x = UMAP_1, y = UMAP_2, fill = celltype, color = celltype)) + stat_unchull(data=subset(data, celltype=="B_cell"), alpha = 0.2,
scale_color_manual(values=colors2)+labs(title=4) 图6 美化方案2: 为每一群细胞添加轮廓线并更改图例 和美化方案1相似,首先要获取每个细胞的坐标,再给每群细胞加上轮廓线,不规则轮廓线的添加同样还是基于置信区间椭圆。此外,图例也进行了美化。 plotData <- as.data.frame(Hu_AO_db_QC2[["umap"]]@cell...
(0.2, "inches"),type = "closed")) + theme(panel.grid = element_blank(), axis.title = element_text(face = 2,hjust = 0.03)) + NoLegend() + geom_label_repel(aes(x = umap_1,y = umap_2,label = cellType,color = cellType), fontface = "bold", data = celltypepos, box....
#ggplot作图p = ggplot()+geom_point_rast(data=df, aes(x= UMAP_1 , y = UMAP_2 ,color = cell_type),size = 1,shape=16) +scale_color_manual(values = alpha(cols,0.3))+ #设置下透明度theme_classic()+theme(panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank(),axis....
p=ggplot()+geom_point_rast(data=df,aes(x=UMAP_1,y=UMAP_2,color=cell_type),size=1,shape=16)+scale_color_manual(values=alpha(cols,0.3))+#设置下透明度theme_classic()+theme(panel.grid.major=element_blank(),panel.grid.minor=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),axis.line=element_...
color=['major_celltype'], title='', show=False, size=10, frameon='small', ax=ax) 细胞可视化顺序 我们发现效果平平无奇对吧,接下来,我们首先需要修改的是,细胞可视化的顺序,将免疫细胞放到一块,将其他细胞放到另一块 adata.obs['major_celltype'].cat.categories # Index(['B cell', 'Endothelial...
color=['major_celltype'],title='', show=False, frameon='small', size=10, ax=ax ) 接下来我们再指定细胞类型的颜色,这里有两个方法: 第一个方法是我们使用颜色条顺序来指定 第二个方法是直接指定细胞类型的颜色 我们先尝试第一个方法,我们希望B细胞是蓝色,T细胞是红色,髓系细胞是绿色,其他细胞是黄色,...
color=['major_celltype'],title='', show=False, frameon='small', size=10, ax=ax) 接下来我们再指定细胞类型的颜色,这里有两个方法: 第一个方法是我们使用颜色条顺序来指定 第二个方法是直接指定细胞类型的颜色 我们先尝试第一个方法,我们希望B细胞是蓝色,T细胞是红色,髓系细胞是绿色,其他细胞是黄色,...
(x=UMAP_1,y=UMAP_2,fill=celltype,color=celltype))+stat_unchull(data=subset(data,celltype=="B_cell"),alpha=0.2,size=0.5,show.legend=F,nbin=300,nsm=20,qval=0.8,sfac=1.5)+geom_point(size=1)+theme_dr()+theme(panel.grid.=(),panel.grid.minor=))(values=cluster_cols)+scale_color...
紫色: ov.pl.purple_color如果你有其他的颜色需求也可以自行指定,颜色条是list格式,例如palette=['#000000','#FFFFFF']fig, ax = plt.subplots(figsize=(4,4)) ov.pl.embedding(adata, basis="X_umap", color=['major_celltype'],title='', show=False, size=10, frameon='small', palette=ov.pl...