简而言之,UMAP更容易将相似的亚群聚集在一块,而tSNE则是注重将不同亚群区分开。两种方法在选择上没有绝对的好坏,只要能体现目标亚群间的差异性即可。 最后,附上一个总结性的差异图 图7 tSNE与UMAP的差异 关于PCA、tSNE、UMAP可视化降维的区别就介绍到这里啦。关于单细胞转录组分析,你还有什么想了解的,不妨在后台...
从图中可以看出,UMAP和tSNE都可以较好地把不同类别的细胞分开。但tSNE倾向于把相同细胞群划分为更多的群,如图显示,黑色圈中CD8 T细胞,在tSNE结果中,群数更多,距离更远。 UMAP参数 最重要的参数是 n_neighbors ,近似最近邻居数。它有效地控制了UMAP局部结构与全局结构的平衡,数据较小时,UMAP会更加关注局部结构,数...
简而言之,UMAP更容易将相似的亚群聚集在一块,而tSNE则是注重将不同亚群区分开。两种方法在选择上没有绝对的好坏,只要能体现目标亚群间的差异性即可。 最后,附上一个总结性的差异图 图7 tSNE与UMAP的差异 关于PCA、tSNE、UMAP可视化降维的区别就介绍到这里啦。关于单细胞转录组分析,你还有什么想了解的,不妨在后台...