T 细胞(全部):CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef(效应T细胞): 辅助T细胞(Helper T):CD3+CD4+CD8-T细胞 Th1: CD3+CD4+CD30-, IL-12R, CXCR3, T-bet, STAT4, STAT1,IFNγ, IL-2,, IL-18、— Th2:CD3+CD4+CD30+, CCR4,IL-2, IL-4 Th9: C...
除了上述的分子特征信号,研究者在发现阶段通过CITE测序发现了记忆性CAR-T细胞亚型在在持久响应组中显著高于复发组,而效应性CAR-T细胞的比例却在复发组中显著提高(图5A、B)。在包含2个独立病人人群的验证阶段,通过流式细胞术分析各T细胞亚型marker,同样发现了记忆性CAR-T细胞在在持久响应组中显著高于复发组(图5C)。这...
基于前2000个高可变基因的UMAP图显示,两个TIL样本中的细胞聚集模式相似(图1C)。通过CellMarker 2.0对细胞类型的注释表明,PBMC包含多种血细胞类型,包括T细胞、NK细胞、单核细胞、B细胞、巨噬细胞和中性粒细胞,而TIL包含大量的肿瘤细胞...
VlnPlot(allseu,features = celltype_marker,pt.size = 0,ncol = 2) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 类似这样,如果某群cluster表达了不太可能同时出现的gene,则有可能是doublet。当然也要凭借一些「经验」,比如成纤维的marker可能在内皮细胞中有「一定程度」的表达,CD4(一个基因)可能在髓...
1. 和传统 CD8 T 细胞一样都表达 T 细胞受 体 (T cell receptor,TCR),但其激活不依赖树突细胞(Dendritic Cell,DC),此特性使其更接近先天性淋巴细胞(Innate lymphoid cell)。 2. 不同于传统 CD8 T 细胞,ILTCK 不表达 PD-1 和其他免疫抑制受体,因此不会进入细胞耗竭状态,反而对肿瘤细胞有更强大的细胞毒性...
对白血病细胞的一些表面marker的基因表达进行评估,并与其诊断时的免疫表型进行匹配。与靶向DNA测序数据一致,XB47患者只含有47%的白血病T细胞。 05 T-ALL突变可以在CD34+CD38-多能干细胞中启动 CD34+CD38-细胞与其他样本一样的测序和质控标准。 4个T-ALL患者中有2个患者(X09, XB41)的CD34+CD38-祖细胞显示高度突变...
期刊名称:Cell 影响因子:30.41 一 研究背景 肝癌:中国肝癌发病率居世界之首,且术后存活率较低。之前的研究表明肝癌组织内富含大量肿瘤浸润淋巴细胞,但是相比于免疫疗法在黑色素瘤及肺癌等肿瘤上的成果,目前成功针对肝癌的免疫治疗方法却鲜有报道。肿瘤靶点和生物有效标志物是新药研究重难点之一。通过深刻了解肝癌的肿瘤...
生信自学网课程内容主要包括,对单细胞进行简介,从数据库下载数据,对数据进行整理,对数据进行指控和数据过滤,PCA主成分分析,TSNE聚类分析,Marker基因查找,对细胞类型进行注释,细胞轨迹分析,以及GO和KEGG富集分析。 单细胞测序是指在单个细胞水平上进行测序。单细胞转录组测序(single cell RNA Seq,scRNA-seq)是指对于单个...
Molecular phenotypes of CAR T cell infusion products associated with response determined by PET/CT Jackson等人对来自非霍奇金淋巴瘤 (NHL) 患者的 CAR-T 细胞样本进行单细胞 RNA 测序和蛋白质表面标志物分析,以揭示 CAR-T 细胞的演变特征并识别药效反应的生物标志物,scRNA-seq结果表明反应不佳者的 CD8 CAR...
genes associated with T cell exhaustion (LAG3 and TIGIT) STAT3野生型的T-LGLL T细胞具有更强的细胞毒性 整合STAT3扩增子测序数据、scTCRαβ-seq、Vβ流式细胞术得到CD8⁺T细胞的克隆型信息,得到11种T-LGLL克隆型 之后对T-LGLL克隆型的细胞进行重新聚类,得到7个亚群,其中最大的群上调了T-LGLL markers FCG...