单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。 一、单细胞RNA测序是什么? 单细胞RNA测序是一种...
单细胞基因组与胞内蛋白的scRNA-seq实验,通过不同标签筛选出不同组分;例如可以将胞质与细胞核物理分离,以通过scRNA-seq进行胞质mRNA的测量,并使用全基因组测序或亚硫酸氢盐测序对基因组DNA进行测量,以分别收集有关细胞基因型或甲基化组的补充数据。 G&T-seq 和 DR-seq G&T-seq通过加入oligo(dT) 特异性分离mRNA同...
这种方法为揭示新的生物标志物、精确定位治疗靶点以及开辟通往个性化医学的道路提供了新的可能性。在本节中,我们将阐明并讨论scRNA-seq在生物医学和临床研究领域中的几个值得注意的应用。 scRNA-seq在胚胎、组织和 器官发育研究中的应用 (1)胚胎发育研究 scRNA-seq在胚胎发育研究中扮演着关键角色,尤其是在区分和识别...
但是,这些组织通常是冰冻的样本,因此snRNA-seq是解决细胞类型少以及冰冻样本的重要方法。 研究发现,从冷冻的S1皮层中分离单个核,进行神经核抗原(NeuN)流动分选,并在Fluidigm C1系统上进行RNA测序,细胞核和细胞数据显示检测到的基因数量和类型相似(S1细胞核-平均5619个基因;S1细胞-平均4797个基因)。核数核据含有较高...
一、scRNA-seq的基本原理 scRNA-seq技术主要包括以下几个步骤:单细胞分离、RNA提取和测序。在单细胞分离过程中,我们需要通过细胞悬液的机械或化学方法将单个细胞分离出来。然后,我们需要使用RNA提取试剂将RNA从单个细胞中提取出来。最后,我们需要对RNA进行测序,生成原始的测序数据。 在测序过程中,scRNA-seq通常采用下一...
ScRNA-seq测序方案主要分为两类:全长转录本测序方法和 3'/5'-端转录本测序方法(基于标签的方法)。与3’-端或5’-端方案相比,全长scRNA-seq方法由于其优越的转录覆盖率而在异构体使用分析、等位基因表达检测和RNA编辑标记鉴定方面具有...
在转录覆盖率方面,转录组RNA-seq依然是金标准,根据测序深度,一般可以观察到80-95%的转录本。而scRNA-seq方法,每个细胞,一般能测到200-10000个转录本,即可以观察到10-50%的转录本,而且每个细胞中很多转录本的计数为零。 一张图展示 bulk vs scRNAseq 的区别 bulk vs scRNA-seq.png 单细胞RNA-seq的常见应用 ...
除了细胞比例的不同,如果将两种方法得到的reads比较,会发现snRNA-seq得到比对结果中intron的reads比例会明显比scRNA-seq中增加(图8)。因此在数据分析时,需要将intron数据也包含在分析结果里。 图7 ntron reads 比例的比较 总结 单细胞核测序相对单细胞测序在样本的适用性上更具优势:从样本类型上看,它不局限于新鲜...
1. 数据格式：scRNA-seq原始数据通常为FASTQ或BCL格式，前者需通过FastQC进行质量控制，后者则通过cellranger的mkfastq工具处理为FASTQ，再进行质控。2. 数据分析：首先，通过比对软件（如STAR）将FASTQ数据与参考基因组匹配，利用GTF文件进行基因分类。质控是为了剔除低质量细胞，关键指标包括基因数量、UMI数量...
此外,作者应用AD特异性细胞通信进行AD预测模型的构建和疾病亚组分析。重点来了!作者还构建了一个名为BrainCelnt的综合平台,可以供研究人员在单细胞水平上探索大脑中的疾病、性别或区域特异性细胞通信。这篇文章为什么能只用4张图发表纯生信5分+文章呢?(ps:这篇文章的scRNA-seq分析方法值得收藏!)1,本研究采用scRNA...