scRNA-seq的应用不仅限于胚胎细胞的研究,它还是一个强有力的工具,用于描绘器官或组织中细胞群体的发展和演变,为我们提供了动物组织和器官发育中关键转变的详尽信息(Mu等人,2019年;Paik等人,2020年)。接下来,我们将深入探讨scRNA-seq在组织和器官发育研究中的应用,特别强调其在揭示细胞多样性、识别稀有细胞群体以及洞察...
Smart-seq3裂解缓冲液的组成为0.1%Triton X-100,10%PEG 8000,1 mM dNTP/每种,1μM Smart-seq3 oligo-dT(5’-生物素-ACGAGCATCAGCAGCATACGA T30VN-3’),以及1.2U重组抑制剂(目录2313B,TaKaRa)或SEQURNA热稳定RNase抑制剂(Cat.SQ00201,SEQURNA),其浓度为每种条件指定的浓度;总缓冲液体积2µl。细胞裂...
同样是阿尔兹海默症疾病,Mathys等人通过对冷冻的去世后病人脑组织进行snRNA-seq,共鉴定到了人类大脑的主要细胞类型:兴奋性神经元(NRGN标记),抑制性神经元(GAD1),星形胶质细胞(AQP4),少突胶质细胞(MBP),小胶质细胞(CSF1R和CD74)、少突胶质祖细胞(...
目前,scRNA-seq已经广泛应用于许多领域,例如肿瘤学、神经科学、发育生物学等。 一、scRNA-seq的基本原理 scRNA-seq技术主要包括以下几个步骤:单细胞分离、RNA提取和测序。在单细胞分离过程中,我们需要通过细胞悬液的机械或化学方法将单个细胞分离出来。然后,我们需要使用RNA提取试剂将RNA从单个细胞中提取出来。最后,...
二、scRNA-seq技术的应用 1.细胞分型 通过scRNA-seq技术,可以获取每个单个细胞RNA的表达矩阵,并对每种类型的细胞特征进行进一步的分析,从而推断出各种细胞在不同发育阶段的转录特征。(详见图1) 图1.单个细胞的RNA表达差异。(图片来源于Google) 通过对不同多功能干细胞的scRNA-seq分析,发现每个细胞都在表达各种特定...
单细胞RNAseq 在肿瘤研究中的应用 二代测序方法的出现,已经成为研究肿瘤精准治疗的关键。但是,即使通过分子(靶基因、靶蛋白)和病理形态学标准对肿瘤进行分类,仍然有相当多的患者对基于靶分子设计的个性化治疗无反应,或经历肿瘤退缩后再次进展。其中一个合理的解释是,这些测序分析都是基于大量肿瘤细胞总体数据。基于总体...
近年来,单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq )技术发展迅速,可用于研究肾脏、尿液以及血液等不同来源细胞群体中单个细胞的基因表达模式。将scRNA-seq应用于肾小球疾病有助于生成全面的肾脏细胞图谱,从细胞层面解析肾小球疾病的复杂机制,...
以“ZINB-Based Graph Embedding Autoencoder for Single-Cell RNA-Seq Interpretations” (scTAG)中读取存储单细胞 RNA 测序数据为例。 数据格式介绍 首先对 scTAG 中 h5 文件进行简要介绍。H5 文件是层次数据格式第 5 代的版本(Hierarchical Data Format,HDF5),它是用于存储科学数据的一种文件格式和库文件。