原始数据处理流程如Cell Ranger(10X单细胞测序分析软件:Cell ranger、从拆库到定量),indrops,SEQC,zUMIs负责测序数据质控,确定reads来源的细胞 (barcodes) (这一步也称为demultiplexing)和mRNA分子 (生信宝典注:单细胞测序不只获得mRNA,更准确说是带poly-A尾巴的RNA,包括mRNA和lncRNA等)、基因组比对和定量。获得的...
例如,线粒体计数相对较高的细胞可能是呼吸过程比较活跃(生信宝典注*:如心脏细胞总**mRNA的30%是线粒体基因,具体见对一篇单细胞RNA综述的评述:细胞和基因质控参数的选择*)。同样,其他QC变量也具有相应的生物学意义。总分子数和/或基因数低的细胞可能是处于静息状态的细胞群体;总分子数和/或基因数高的细胞也可能...
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step...
例如,线粒体计数相对较高的细胞可能是呼吸过程比较活跃(生信宝典注:如心脏细胞总mRNA的30%是线粒体基因,具体见对一篇单细胞RNA综述的评述:细胞和基因质控参数的选择)。同样,其他QC变量也具有相应的生物学意义。总分子数和/或基因数低的细胞可能是处于静息状态的细胞群体;总分子数和/或基因数高的细胞也可能是细胞...