能在高维空间中直接捕获细胞非线性关系,它的分群更灵活,可以在更复杂细胞群体中区分亚群(因此tSNE的点不表示数据的远近,相距较近的点也不意味着细胞相似) UMAP全称是:Uniform manifold approximation and projection ,与t-SNE一样,也是一种非线性方法,都是在高维空间中寻找保持相邻关系的低维表示方法。UMAP比t-SNE保...
常被用来寻找判断某种事物或现象的综合指标,并且给综合指标所包含的信息以适当的解释。在实际的应用过程中,主成分分析常被用作达到目的的中间手段(例如我们单细胞或者空间数据PCA分析之后还有TSNE和UMAP),而非完全的一种分析方法。这也是为什么SPSS软件没有为主成分分析专门设置一个菜单选项,而是将其归并入因子分析。我...
dims=1:i,verbose=T)All.merge.singlets.new<-FindClusters(object=All.merge.singlets.new,resolution=0.8,verbose=T)All.merge.singlets.new<-RunUMAP(object=All.merge.singlets.new,dims=1:i,verbose=T)All.merge.singlets.new<-RunTSNE(object=All.merge.single...