单细胞测序 细胞过滤标准 nfeature 在单细胞测序分析中,细胞过滤是一个重要的步骤,其标准主要包括基因数、mrna分子总数和线粒体基因占比等参数。 其中,基因数是评估细胞质量的重要指标。如果基因数过低,可能表示该细胞已经死亡、将要死亡或仅为空液滴。而基因数过高可能表示在形成油包水结构的过程中,两个或多个...
这一步是单细胞分析中非常重要的环节,有一些细胞自动注释软件可以帮助我们定义细胞类型,比如singleR或者scCATCH。 当然受限于前期实验设计或数据分析的差异,自动注释的结果有时并不能与预期相符,我们还可以通过单细胞公共数据库(比如CellMarker、PangLaoDB、CancerSCEM、SingleCellPortal等)或者已发表文章,来寻找自己感兴趣的...
总nCount(总基因表达数)越多那么nFeature(总基因数)就应该是高,就是呈现正相关关系,如果不是就需要去探索背后可能的原因。 如何理解 percent_mito,percent_ribo,percent_hb三个指标? percent_hb(红细胞基因表达比例):表明红细胞这个单细胞亚群的比例,一般来说不研究红细胞,所以过滤它没有问题。 percent_mito(线...