近年来单细胞Hi-C数据成为了三维基因组学的研究热点,单细胞Hi-C数据可以用于研究单个细胞中的染色质结构,从而可以针对特定类型的细胞分别测量其转录调控元件间的空间相互作用。相较于传统Hi-C,scHi-C可以避免组织内细胞异质性影响,获得单个细胞内的空间互作信息,从而减少噪声,提高分辨率与信噪比。同时scHi-C可以在小样...
单细胞 Hi-C:对单细胞进行 Hi-C 技术操作,包括交联、切割、连接、测序和生物信息学分析。 数据分析:分析单细胞 Hi-C 数据,揭示不同细胞之间的基因组结构差异。 单细胞 Hi-C 技术为研究细胞类型间的基因组结构差异、细胞发育和疾病中的细胞异质性提供了突破性的机会。它已被应用于揭示不同细胞类型中的染色体亚...
通过这种方式，scNanoHi-C 能够在一次 PromethION 测序中对少至几个单细胞进行低通量、高覆盖度测序或者对数千个单细胞（最高可达 24×96=2304个细胞）进行高通量、低覆盖度测序，可以根据实验需求灵活进行选择（图1）。为了评估scNanoHi-C技术的可靠性，该研究首先将scNanoHi-C应用于正常二倍体的GM12878细胞系...
Droplet Hi-C基于原位Hi-C流程,通过限制性消化和原位连接,捕获甲醛交联细胞或细胞核中染色质纤维之间的全基因组空间邻近性(图1a)。从经固定的细胞或细胞核到最终的测序文库,整个流程持续约10小时,可并行处理8个样本,同时分析超4万个细胞(图1a-c),是迄今为止实验耗时最短、实操时间最短的单细胞Hi-C方法(图1b)...
作者对开花植物水稻受精前后的配子、合子和叶肉细胞的染色质空间结构进行了分析研究,开发了一种高分辨率的单细胞原位Hi-C技术,首次从单细胞的水平揭示了植物染色质空间结构在受精前后的构型动态变化特征及其与基因表达调控之间的关系,为研究植物的ZGA(zygotic genome activation)、胚胎发育和表观遗传调控,解析亲本基因组...
作者对开花植物水稻受精前后的配子、合子和叶肉细胞的染色质空间结构进行了分析研究,开发了一种高分辨率的单细胞原位Hi-C技术,首次从单细胞的水平揭示了植物染色质空间结构在受精前后的构型动态变化特征及其与基因表达调控之间的关系,为研究植物的ZGA(zygotic genome activation)、胚胎发育和表观遗传调控,解析亲本基因组...
软件名称单细胞Hi-C层次化拓扑相关结构域识别软件 软件简称deDoc2版本号V1.0 登记号2023SR1066308分类号- 著作权人中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)首次发表日期2023-05-10 登记日期2023-09-14 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 ...
单细胞Hi-C(scHi-C)测序技术被用于单个类型细胞中研究染色质结构,是研究组织中异质性细胞的有力工具。但目前仍缺乏从scHi-C数据中以高分辨率分析染色质环的工具,因此研究团队开发出一种名为SnapHiC的计算方法。这是一种为scHi-C数据定制...
(54)发明名称基于单细胞Hi-C数据的细胞类型预测系统(57)摘要本公开提出了基于单细胞H i‑C数据的细胞类型预测系统,包括:数据预处理模块,被配置为:对于单细胞H i‑C数据,将一条染色体按照预先设置的分辨率分成若干个不重叠的b i ns,然后对信息进行匹配,构成接触矩阵;神经网络模块,被配置为:对数据预处理模块...
基于DNBSEQ-T7平台的单细胞文库和Hi-C文库无论是在准确性还是成本方面均有突破，实现了单细胞文库平台间基因表达结果一致性大于0.99；Hi-C文库数据Valid reads ratio 达到90%；单细胞文库的reads mapping ratio大于95%，基于DNBSEQ-T7平台的10x Genomics 3’转录组单个细胞平均测序成本低于1元。裴素蕊博士相信这两...