近年来单细胞Hi-C数据成为了三维基因组学的研究热点,单细胞Hi-C数据可以用于研究单个细胞中的染色质结构,从而可以针对特定类型的细胞分别测量其转录调控元件间的空间相互作用。相较于传统Hi-C,scHi-C可以避免组织内细胞异质性影响,获得单个细胞内的空间互作信息,从而减少噪声,提高分辨率与信噪比。同时scHi-C可以在小样...
研究团队结合色质构象捕获技术与商业化的细胞包裹微滴产生平台,开发出全新高通量单细胞染色质构象捕获技术——Droplet Hi-C,大幅提高了单细胞Hi-C的实用性,为研究三维基因组在发育与疾病中的作用及临床诊断提供了新工具。 为了突破这些局...
单细胞 Hi-C:对单细胞进行 Hi-C 技术操作,包括交联、切割、连接、测序和生物信息学分析。 数据分析:分析单细胞 Hi-C 数据,揭示不同细胞之间的基因组结构差异。 单细胞 Hi-C 技术为研究细胞类型间的基因组结构差异、细胞发育和疾病中的细胞异质性提供了突破性的机会。它已被应用于揭示不同细胞类型中的染色体亚...
近日,Cleveland诊所Lerner研究所的胡明教授和加州大学圣地亚哥分校医学院路德维希癌症研究所的任兵教授联合在Nature Methods上发表了一篇名为“SnapHiC: a computational pipeline to identify chromatin loops from single-cell Hi-C data”的研究...
而现有的单细胞Hi-C（single-cell Hi-C，scHiC）技术受限于二代测序较短的读长（通常是双端总共300bp）也难以对染色质高阶相互作用进行检测。目前除了单细胞超分辨率成像以外，2022年开发的scSPRITE5是唯一一种可以在单细胞水平检测染色质高阶相互作用的测序方法。但是该方法更适用于远距离的间接染色质高阶相互...
近日,美国加州大学圣地亚哥分校的任兵团队在Nature Biotechnology发表了题为“Droplet Hi-C enables scalable, single-cell profiling of chromatin architecture in heterogeneous tissues”的文章。研究团队介绍了一种高度可扩展的、基于液滴的单细胞Hi-C方法——Droplet Hi-C,它可使用商业微流体装置在液滴中进行高通量单...
单细胞Hi-C (scHi-C) 技术的出现为研究细胞周期阶段与染色质三维 (3D) 结构之间的复杂关系提供了前所未有的机会。然而,基于 scHi-C 数据准确预测细胞周期阶段仍然是一个巨大的挑战。2024年7月,《Communications Biology》发表了一个预测模型 ——scHiCyclePred,其整合了多种特征集,利用 scHi-C 数据来预测细胞周...
作者对开花植物水稻受精前后的配子、合子和叶肉细胞的染色质空间结构进行了分析研究,开发了一种高分辨率的单细胞原位Hi-C技术,首次从单细胞的水平揭示了植物染色质空间结构在受精前后的构型动态变化特征及其与基因表达调控之间的关系,为研究植物的ZGA(zygotic genome activation)、胚胎发育和表观遗传调控,解析亲本基因组...
作者对开花植物水稻受精前后的配子、合子和叶肉细胞的染色质空间结构进行了分析研究,开发了一种高分辨率的单细胞原位Hi-C技术,首次从单细胞的水平揭示了植物染色质空间结构在受精前后的构型动态变化特征及其与基因表达调控之间的关系,为研究植物的ZGA(zygotic genome activation)、胚胎发育和表观遗传调控,解析亲本基因组...
相较于传统的Hi-C分析，单细胞Hi-C（scHi-C）在小样本和罕见细胞中具有应用优势，能减少组织异质性影响，提高分辨率和信噪比。它为全基因组关联研究（GWAS）在疾病相关细胞类型中发现变异提供了可能。然而，scHi-C数据的稀疏性和较低的信噪比，使得后续分析面临挑战。面对scHi-C数据的复杂性，数据增强...