(如EcoRⅠ)对交联后细胞的染色质进行酶切;4)对酶切末端进行生物素标记,并形成平末端;5)使用DNA连接酶对平末端进行连接,处于同一个交联分子上的DNA片段间将有较大的概率连接形成新的分子;6)在显微镜下进行单细胞核的挑取获得经过Hi-C化处理的单细胞核样本;7)对单细胞核样本进行高温去除甲醛交联,释放DNA;8)对...
使用Higashi进行数据插补、模型训练和细胞聚类分析，能获得数据增强结果的可视化展示，有助于揭示数据中潜在的高阶交互。这一工具在处理Hi-C实验数据时，提供了从依赖安装到模型训练、结果可视化的完整流程。参考文献：Zhang R, Zhou T, Ma J. Multiscale and integrative single-cell Hi-C analysis with...
数据分析流程 依赖安装 镜像中已包含所有依赖,当需要在自己的机器上处理数据时需先进行依赖安装。 最简单的方法是通过conda安装: install pytorch>=1.8.0 with cuda support when available. conda install -c ruochiz higashi 也可以通过github进行安装: git clone https://github.com/ma-compbio/Higashi cd Higash...