通过单细胞测序可以有效地对每个细胞中表达的遗传物质进行测序分析,其结果主要依靠各种绘图进行可视化展示。因此,一套好的配色方案尤为重要,在视觉效果舒适的基础上,更加清晰明了的突显结果意义,提高文章发表的档次。 单细胞的分析中往往要分群出多种细胞类型,简单的两三个颜色的配色方案并不能满足要求。所以,今天小编...
调整底图的分辨率: 使用FeaturePlot函数时,可以通过nCol参数调整底图的列数,以及pt.size参数调整点的大小,从而影响视觉效果。 使用reorder参数: 使用reorder参数可以根据基因表达量的大小重新排序细胞,可能会使表达模式更加明显。 调整透明度: 通过设置alpha参数,可以调整点的透明度,有助于在细胞点重叠时区分不同的表达水平。
在单细胞测序数据可视化过程中,【细胞比例图】可以直观呈现不同样本和分组之间细胞比例的差异,其具体表现形式又包括饼图、堆积柱状图、气泡图等。饼图常用以展示组内各细胞的构成比例;堆积柱状图可进一步体现细胞比例的组间差异;气泡图则可以展示每组样本不同类型细胞的具体数量。 上周我们分享了具有巴黎浪漫的UMAP图配...
跟着CNS学气泡图配色 【气泡图】是单细胞测序可视化的一种常用方法,纵轴表示细胞亚群类型、横轴表示marker基因、气泡大小表示富集基因的数量、气泡颜色表示富集显著性。巧妙得体的渐变色不仅可以更加精准地传达数据信息,更能一秒抓住审稿人眼球。 上周我们分享了具有秋天气息的细胞比例图配色方案(科研配色『单细胞测序专栏』...
通过单细胞测序可以有效地对每个细胞中表达的遗传物质进行测序分析,其结果主要依靠各种绘图进行可视化展示。因此,一套好的配色方案尤为重要,在视觉效果舒适的基础上,更加清晰明了的突显结果意义,提高文章发表的档次。 单细胞的分析中往往要分群出多种细胞类型,简单的两三个颜色的配色方案并不能满足要求。所以,今天小编...
跟着CNS学气泡图配色 【气泡图】是单细胞测序可视化的一种常用方法,纵轴表示细胞亚群类型、横轴表示marker基因、气泡大小表示富集基因的数量、气泡颜色表示富集显著性。巧妙得体的渐变色不仅可以更加精准地传达数据信息,更能一秒抓住审稿人眼球。 上周我们分享了具有秋天气息的细胞比例图配色方案(科研配色『单细胞测序专栏』...
27)科研配色|第27期. 听说紫色更有韵味,那么我拿出蓝色,阁下又该如何应对? 28)科研配色|第28期. 同色系配色典范,还得是Nature! 29)科研配色 | 第29期. 天冷了,连我读的文献也要是暖暖的 30)科研配色 | 第30期 柱状图配色?一文搞定! 1)科研配色『单细胞测序专栏』 | 第1期. 当UMAP遇上巴黎奥运会,你...
如下所示被高亮的区域就是小胶质细胞,确实是打分会比较高,但是不够显著。所以我让它简单的询问了人工智能大模型的解决方案。做了一个简单的配色, 就可以达到显著的效果,代码是: my.colors <- colorRampPalette(c("lightblue","white","darkred"))(100) ...
如下所示被高亮的区域就是小胶质细胞,确实是打分会比较高,但是不够显著。所以我让它简单的询问了人工智能大模型的解决方案。做了一个简单的配色, 就可以达到显著的效果,代码是: my.colors <- colorRampPalette(c("lightblue","white","darkred"))(100) ...
上周我们分享了以渐变为主题的气泡图配色方案(科研配色『单细胞测序专栏』 | 第4期. 此图只应天上有!这样的热图才配得上顶刊)。在第5期,我们又从CNS顶刊中收集了9组,喜欢的话别忘了收藏关注!! 那么这就是本期的全部内容啦,希望对大家有所帮助。大家对于推送内容有任何问题或建议可以在公众号菜单栏 ...