跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录因子分析 可以了解细胞异质性背后的基因调控网络的异质性。转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容,R语言分析一般采用的是SCENIC包,具体原理可参考两篇文章。1、《SCENIC : single-cell regulatory networkinference and clustering》。2、《Ascalable SCENIC workflow for singl...
R语言单细胞评分+细胞周期评分,万金油存在 441播放 R语言免疫浸润 cibersort无需网站的代码评估,简单易行 949播放 泛癌特定基因差异分析,R语言充电专属视频 1033播放 泛癌gsea富集分析,R语言 1059播放 R语言预后模型4,全面讲解列线图绘制 571播放 Python空间转录组自学,spaGCN差异分析(第六期) ...
根据包含的计算方法,我们也能大概的知道decoupleR包能够做哪些分析了,包括基本分析(AUCell,Fast GSEA, GSVA和viper),bulk/scRNA-seq的通路活性、转录因子分析,转录因子和激酶活性分析。这次我们主要学习一下如何使用该R包进行scRNA-seq的转录因子活性分析。 github链接:https://saezlab.github.io/decoupleR/index.html ...
单细胞 | pySCENIC·转录因子分析(一) SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering)是一种能够从单细胞 RNA-seq 数据(SCENIC)或单细胞 RNA-seq+单细胞 ATAC-seq 的组合(SCENIC+, 今年新发的Nature Methods, 2023, 20, 1355–1367)中同时进行转录因子推断、基因调控网络重建的方法。 工作...
pyscenic做为scenic的python版本,相比R版本实现了分析速度上的巨大提升,尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下,数据集1 (4257 cell x 36601 gene),10 cores :grn 网络构建2小时;ctx 网络纯化16分钟;aucell 细胞活性1分钟。另外,数据集2 (45000 cell x 33469 gene),三个步骤的耗时分别为4小时、20分钟...
在conda_env/environment.yml文件中已经安装了部分软件,可以满足 pySCENIC 分析的基本要求了,但是为了能够兼容 R 版本的 SCENIC 分析及更好的可视化,还需要安装些软件。 conda env create -f environment.yml # conda activate pyscenicBiocManager::install(c("AUCell","RcisTarget","GENIE3")) BiocManager::install...
但是在R里面跑这个,超级耗时,所以有 使用pyscenic做转录因子分析 和 没想到自己会放弃conda(docker镜像的pyscenic做单细胞转录因子分析),大家可以按需取用。 生信技能树jimmy 2022/03/14 4.3K1 使用pyscenic做转录因子分析 python数据分析腾讯云开发者社区linux 毕竟在文章《A scalable SCENIC workflow for single-cell ...
SCENIC是一个用于单细胞转录因子分析的主流软件，它可以在进行数据分析的同时提供可视化结果。这款开源软件支持R和Python版本，并详细说明了使用方法。值得注意的是，SCENIC有物种限制，目前仅能分析人、小鼠和果蝇的数据。在进行转录因子分析时，SCENIC会经过三个步骤：构建共表达网络、构建TF-targets网络和...
RcisTarget是i-cisTarget和iRegulon的motif富集框架的新R / Bioconductor实现。 RcisTarget从一个基因列表识别富集的TF-binding motifs和候选转录因子。主要有两步骤: (1)选择在基因集中基因TSS(transcription start site)附近显著过表达的DNA motif。这一步通过在数据库中应用recovery-based method(基于恢复的方法)来实现...
所以,实际上学习这个SCENIC流程,必须要先学习这3个R包的。 比如*RcisTarget* 包,基于DNA-motif 分析选择潜在的直接结合靶点,我也是写了两个教程: 基因集的转录因子富集分析 为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢 再比如那个*AUCell* 包,我分享了:使用AUCell包的AUCell_calcAUC函数计算每个细胞的每个基因集的活...