比如我们现在有两个患者的鼻腔样本,然后我们进行单细胞测序后,cellranger后我们在filtered中分别生成了3个文件:barcodes,features和matrix。我懒呀,我想万一我有好多个样本怎么办,不如用一个for循环来搞定! 于是我的文件就成了这个样子: batch_list=list("P2","P3") batch_data_list=list("P2"=1,"P3"=1) ...
barcodes.tsv.gz文件：细胞标签 features.tsv.gz文件：基因ID matrix.mtx.gz文件：表达矩阵（稀疏矩阵格...
Single-cell RNA-seq data can be downloaded from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) database with the accession number GSE253355 作者不仅提供了原始的features|barcodes|matrix文件,还直接提供了seurat文件,也方便我们对比。 代码 GitHubat https://github.com/ tanlabcode/spatial-bonemarrow-atlas 管中窥豹,...
(1)barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz (2)表达矩阵 (3)h5 (4)h5ad barcodes.tsv、genes.tsv、matrix.mtx格式数据文件 这是cellranger上游比对分析产生的3个文件,分别代表细胞标签(barcode)、基因ID(feature)、表达数据(matrix) 一般先使用read10X()对这三个文件进行整合,得到行为基因、列为细...
1)barcodes.tsv:样本中所有的细胞的条码。这文件会按照 matrix.tsv 的顺序来排列 [图片上传失败...(image-b39475-1621137785277)] 2)genes.tsv:参照 (reference name)会按照Ensembl、NCBI、UCSC网站而有所不同, gene symbol会与 matrix.tsv 的顺序一致。
我们可以利用head命令检查数据三个表格的内容。 Barcodes通俗来讲就是每个细胞的代码,组成就是ATCG四个碱基排列组合成的不同的14个碱基组合; Gene.tsv或者features.tsv一般是基因的ensembl ID 和symbol matrix.mtx说白了就是每个细胞不同基因的表达矩阵,我们利用分别检查文件的开头和结尾: ...
我们就要根据这篇来学习如何复现单细胞测序相关的基本图表。 1. 数据的下载与导入 在Zenodo数据库中有本篇文献的barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz单细胞测序输出文件,考虑到大家设备配置不一,为了方便大家分析,我们只选择其中的主动脉数据(4根)进行后续分析。 数据下载网址: https://zenodo.org/...
genes.tsv文件(有时也叫features.tsv文件) 文件内容:有两列,第一列为基因ID,第二列为基因Symbol ID,区分各个基因。 barcodes.tsv文件 文件内容:有一列,内容为测序时为了区分各个细胞的标记信息,称为Barcodes matrix.mtx 文件内容:有三列,数字的第一行是测序的汇总信息。第一行的第一个为测序的总基因数(说明...
矩阵格式(Matrix Market Format, .mtx) 这是10X Genomics输出的标准格式之一,主要用于存储稀疏矩阵。.mtx文件存储基因表达矩阵的非零值,同时通常会配套提供细胞和基因的注释文件(例如barcodes.tsv和genes.tsv或features.tsv),分别对应细胞条形码和基因名称。 HDF5 格式(.h5 或 .hdf5) HDF5是一种适合大数据存储的格式...
filtered_feature_bc_matrix是过滤后的barcode信息,其中包含了barcodes.tsv.gz; features.tsv.gz; matrix.mtx.gz filtered_feature_bc_matrix.h5是过滤后的barcode信息HDF5 format metrics_summary.csv是csv format数据摘要 molecular_infos.h5是UMI信息 raw_feature_bc_matrix是原始的barcode信息 ...