单细胞转录组测序(scRNA-seq)的技术突破使细胞间的异质性不再神秘,而微生物单细胞转录组测序(MscRNA-seq)技术的问世即将揭开微生物群的层层面纱。 M20 Genomics通过独特的微生物裂解方式和基于随机引物的转录组捕获技术,于2022年3月,推出全球首个高通量单细菌转录组产品。该产品针对纯培养的单一菌种而设计,能够测得...
单细胞微生物转录组测序的主要应用场景 1、 微生物时序表达研究 克隆细菌种群依赖于单个细胞之间的转录变异来产生高适应度的特殊状态。了解细胞状态需要在单细胞水平上研究同基因细菌种群,这也强调了单细胞转录分析的必要性。研究者可以通过鉴定外在特殊状态的细胞并确定它们分化发育过程,结合基因表达变化,实现单个细菌内表...
多重退火和基于dC尾的定量单细胞RNA测序(MATQ-seq),通过提高逆转录效率和随后PCR扩增子的产生来增加RNA-seq的灵敏度。作为一种补充方法,微生物分裂池连接转录组(microSPLiT)和原核表达(通过原位标记RNA和测序(PETRIseq))建立在基于组合索引的scRNA-seq方案的基础上,以同时分析数千种细菌。 由于主要病原体可以在细...
作为生命体的最小执行单元,细胞的变化特征往往决定了机体的反馈,同时又敏锐反映了机体对外界刺激的响应——对机体(或者说宿主)的单细胞转录组研究映入了我们的眼帘。 微生物组(16S测序和宏基因组测序)对环境的微生物组成进行了解析,单细胞转录组对机体的细胞组成和细胞变化进行了解析,二者的结合是否可以对微生物与机...
微生物单细胞测序-rRNA去除 细菌核糖体核糖核酸(rRNA)是存在于细菌细胞中的一类RNA分子,约占总RNA 80% - 98%,rRNA在蛋白质合成过程中起到关键作用,但是在研究遗传调控机制或NGS测序技术等方面,还是要看信使核糖核酸(mRNA)。而在微生物单细胞转录组测序中,由于原核生物mRNA缺乏PolyA尾,无法效仿真核生物进行mRNA的...
多重退火和基于dC尾的定量单细胞RNA测序(MATQ-seq),通过提高逆转录效率和随后PCR扩增子的产生来增加RNA-seq的灵敏度。作为一种补充方法,微生物分裂池连接转录组(microSPLiT)和原核表达(通过原位标记RNA和测序(PETRIseq))建立在基于组合索引的scRNA-s...
文献解读 | 单细胞测序结合转录组/代谢组揭示肝脏肿瘤内微生物的抗癌机制 肝内胆管癌(ICC)是一种罕见的恶性肿瘤,在中国发病率很高。先前有研究认为,肿瘤内部的微生物可独立产生抗癌作用,且不同类型的肿瘤甚至具有其独特的群落结构,但细菌具体的生物学功能仍需进一步研究。
总之，本研究开发了一种新的高通量空间转录组成像方法——并行连续荧光原位杂交par-seqFISH，该技术能够在单细胞分辨率下探究微生物的基因表达和微尺度环境中的空间信息。作者将这种方法应用于致病菌铜绿假单胞菌，证明par-seqFISH能够解析菌群在浮游生长状态下代谢和毒性相关基因转录水平的动态变化，以及固着生长过程（生物...
多重退火和基于dC尾的定量单细胞RNA测序(MATQ-seq),通过提高逆转录效率和随后PCR扩增子的产生来增加RNA-seq的灵敏度。作为一种补充方法,微生物分裂池连接转录组(microSPLiT)和原核表达(通过原位标记RNA和测序(PETRIseq))建立在基于组合索引的scRNA-seq方案的基础上,以同时分析数千种细菌。
常规微生物组+宿主转录组的微环境组学研究策略,只能回答微生物是否与宿主发生互作的问题,无法区分识别的微生物是否真正与细胞有直接接触。而scRNA-seq方案可以捕获到与细胞紧密结合的微生物mRNA,从一定意义上讲是获取到了真正的微生物-宿主单细胞水平互作,将研究拓展到细胞水平,研究结果更细致深入。