这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后,多种数据格式多样本情况下,如何读取数据并创建seurat对象。 本文主要结构: 一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 单样本情况下各种格式数据的读取,…
读取文件并创建对象的代码参考: # 导入Seurat包library(Seurat)# 查看当前工作目录getwd()# 设置工作目录(将工作目录切换到指定路径下)setwd("D:/project/scRNA")# 读取10x数据,data.dir参数指定存放文件的路径seurat_data<-Read10X(data.dir = "./data/GSE234527/352")# 创建Seurat对象seurat_obj<-CreateSeura...
一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 单样本情况下各种格式数据的读取,读取后seurat对象的创建 多样本情况下各种格式数据的读取,读取后seurat对象的创建、合并 一、数据下载 大家自行去GEO官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)搜索下载自己想要的单细胞测序数据。本文后面会提供数据用于示例代码测试。
h5seurat格式可以与SeuratDisk等工具兼容,进行单细胞数据的读写 。 R数据文件(RDS/RDATA文件): 以R语言的数据文件格式存储表达式矩阵,需要R软件直接读取。 二、数据读取与seurat对象创建 单样本 单样本情况下每种格式的数据读取与seurat对象创建演示: 10x Genomics格式: 演示数据的下载: https://www.ncbi.nlm.nih....
这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后,多种数据格式多样本情况下,如何读取数据并创建seurat对象。 本文主要结构: 一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 单样本情况下各种格式数据的读取,读取后seurat对象的创建 多样本情况下各种格式数据的读取,读取后seurat对象的创建、合并 ...
a=a[,-1]#去除第一列dim(a)[1]200078445#8445个细胞,总共有20007个基因 2.载入seurat包,创建对象 注意,因为这篇文章作者已经上传了过滤后的矩阵,所以在 “CreateSeuratObject”函数中我们不需要用“min.cells =” 和“min.features = ”来过滤基因和细胞,关于数据如何处理的,详见https://www.ncbi.nlm.nih...
单细胞数据挖掘实战:文献复现(一)批量读取数据 一、批量创建Seurat对象 批量创建Seurat对象,同时添加condition,为文章后续样本选择做准备。 samples_objects<-lapply(seq_along(samples_raw_data),function(i){seurat_object<-CreateSeuratObject(counts=samples_raw_data[[i]],project=paste0("mm.gam.gender.",names...
lesson 6:结合文献讲解单细胞数据分析结果、公共单细胞测序数据的下载(GEO)、读取、质控、过滤、标准化及创建seurat对象; lesson 7:单细胞数据降维聚类、t-SNE及UMAP两种方法介绍及实操; lesson 8:SCTransform处理单细胞数据、不同批次多样本整合分析; lesson 9:三种方法针对单细胞类群及亚群进行手动注释、marker基因计...
在开展单细胞转录组数据分析之前,第一步需要做好软件准备和环境的搭建。 单细胞转录组分析环境搭建 单细胞转录组数据分析主要用到R语言。我们在前面已讲了R软件的安装(详情请看),这里不多说了,大家在R包安装程序的官方网站下载吧: https://cran.r-project.org/ ...
这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后,多种数据格式多样本情况下,如何读取数据并创建seurat对象。本文主要结构:一、数据下载二、数据读取与seurat对象创建 单样本情况下各种格式数据的读取,读取后seurat对象的创建 (资料图片仅供参考) 多样本情况下各种格式数据的读取,读取后seurat对象的创建、合并 ...