features = 200一个细胞中最少检测到200个基因 1.3 认识Seurat对象的结构 Seurat对象中储存了关于这个单细胞项目的几乎所有信息,包括每个细胞的barcodes,原始表达矩阵以及运行过哪些分析等,后续对单细胞的分群注释等信息都是保存在Seurat对象中的。在R中可以使用str函数查看数据结构。 代码语言:javascript 复制 str(pbmc...
cells = 3 一个基因最少在3个细胞中检测到,min.features = 200一个细胞中最少检测到200个基因 1.3 认识Seurat对象的结构 Seurat对象中储存了关于这个单细胞项目的几乎所有信息,包括每个细胞的barcodes,原始表达矩阵以及运行过哪些分析等,后续对单细胞的分群注释等信息都是保存在Seurat对象中的。在R中可以使用str...
packages("包的名字") 1.2 创建Seurat对象 对于之前从CellRanger得到的比对结果,读取sample/outs/filtered_feature_bc_matrix文件夹下的三个文件:barcodes.tsv(1列,为barcode名);genes.tsv(2列,第1列为ENS编号,第2列为基因名);matrix.mtx(3列,第1列为基因编号,第2列为细胞编号,第3列为对应的reads数) 代码...