单细胞转录组全流程代码,存下吧很难找全的-当初花5k买的单细胞转录组scRNA-seq全代码流程分享给大家,共125G。已排除bug,可直接复制粘贴运行 91 0 00:27 App 我愿称之为机器学习临床预测模型天花板,给大家整理了合集指南,全部分享 1012 0 00:21 App 一堆差异基因,如何筛选?进行下一步呢?看完这篇就懂了...
具体流程如下,文末附原始数据和代码: 软件获取 R 软件获取 Rstudio 软件获取 数据获取 GEO 输入你文章中涉及到的单细胞数据库GES编号 或者直接输入关键词 进入页面直接下载就是了 分析流程 加载R包 加载package library(dplyr) library(Seurat) library(patchwork) 加载数据 加载数据,创建对象 pbmc.data <- Read10X...
一键式代码+教程:单细胞分析最全面的教程,分析方式、分析思路和结果解读,全都包含。看这一个视频就够了!分群聚类、富集分析、拟时序、RNA速率分析、细胞通讯分析 6232 2 46:57 App 1-4 单细胞标准分析流程—实战课 1.7万 6 31:17 App 单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析标准流程(下集,python Scanpy) 1324 ...
10X格式来源的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象 软件运行窗口 软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件 seurat基本处理流程 1.单细胞测序数据质控 软件运行窗口 运行完成的结果文件 提取的meta.data细胞注释信息文件 质控前的结果 质控后
运行上面的代码可以得到cluster2亚群的所有差异基因,这个差异基因的选择是基于cluster2亚群最低可以检测到的(min.pct参数)百分率(0.25)来设定的,运行后得到下面的表格 晨曦解读 我们来举个例子大家就知道这个表格怎么解读了,拿IL32基因,p...
书接上回单细胞测序—标准流程代码(2) — 标记基因与细胞注释,这篇帖子主要关注的是富集分析。 1 marker基因富集分析 主要是step2-anno-go-kegg-reactome.R脚本根据物种中调用com_go_kegg_ReactomePA_human.R或者com_go_kegg_ReactomePA_mice.R脚本。 1.1 step2-anno-go-kegg-reactome.R 代码语言:r 复制 rm(...
10X格式来源的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象 软件运行窗口 软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件 seurat基本处理流程 1.单细胞测序数据质控 软件运行窗口 运行完成的结果文件 提取的meta.data细胞注释信息文件 质控前的结果 质控后
运行上面的代码可以得到cluster2亚群的所有差异基因,这个差异基因的选择是基于cluster2亚群最低可以检测到的(min.pct参数)百分率(0.25)来设定的,运行后得到下面的表格 晨曦解读 我们来举个例子大家就知道这个表格怎么解读了,拿IL32基因,pvalue代表该细胞亚群的IL32这个基因同除该细胞亚群外的这个基因去做差异分析得到的...
运行上面的代码可以得到cluster2亚群的所有差异基因,这个差异基因的选择是基于cluster2亚群最低可以检测到的(min.pct参数)百分率(0.25)来设定的,运行后得到下面的表格 晨曦解读 我们来举个例子大家就知道这个表格怎么解读了,拿IL32基因,pvalue代表该细胞亚群的IL32这个基因同除该细胞亚群外的这个基因去做差异分析得到的...