算法概括来说就是首先对给定样本的基因表达值进行秩次标准化,然后利用经验累积分布函数计算富集分数(ES)。 ssGSEA 设给定基因集为G,包含基因数为NG,给定单个样本为S,表达谱包含基因数为N,N个基因按它们绝对表达值从高到低确定秩次。i 从1赋值到N,依此计算PGw和PNG。 3. 实现 R语言GSVA包可实现ssGSEA分析,GS...
基于单样本基因集富集分析(ssGSEA)分数的免疫浸润分析 为了研究膀胱癌的免疫浸润情况,根据免疫细胞特异性标记基因的表达水平,对ssGSEA进行了评估,以评估样品中的免疫浸润水平(记录为ssGSEA评分)。 ssGSEA分析是基于GenePattern环境进行的(26)。为了运行ssGSEA在线分析(https://cloud.genepattern.org),将基因表达数据集文...
生物信息数据分析教程视频——07-TCGA数据库:基因的表达探索 sample函数教程视频 视频地址:http://mpvideo.qpic.cn/0b2ewiaakaaahmalygztmbrvbmwdawzaabia.f10002.mp4? 参考文章: 【0代码】单基因泛癌分析教程 视频 DoubleHelix 2022/12/15 6890 生物信息数据分析教程视频——12-基因之间的相关性分析及可视化 ...
单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA),是GSEA方法的扩展,主要是针对单个样本无法做GSEA而设计。文章2009年发表于nature,题目为Systematic RNA interference reveals that oncogenic KRAS-driven cancers require TBK1。首先对给定样本的基因表达值进行秩次标准化,然后利用经验累积分布函...