单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA),是GSEA方法的扩展,主要是针对单个样本无法做GSEA而设计。文章2009年发表于nature,题目为Systematic RNA interference reveals that oncogenic KRAS-driven cancers require TBK1。 2. 算法 算法概括来说就是首先对给定样本的基因表达值进行秩次...
基于单样本基因集富集分析(ssGSEA)分数的免疫浸润分析 为了研究膀胱癌的免疫浸润情况,根据免疫细胞特异性标记基因的表达水平,对ssGSEA进行了评估,以评估样品中的免疫浸润水平(记录为ssGSEA评分)。 ssGSEA分析是基于GenePattern环境进行的(26)。为了运行ssGSEA在线分析(https://cloud.genepattern.org),将基因表达数据集文...
(tur_exp+1)ssGSEA_Score=gsva(as.matrix(tur_exp),immune_cell_geneSet,method='ssgsea',kcdf='Gaussian',abs.ranking=TRUE)#ssGSEA计算normalize=function(x){return((x-min(x))/(max(x)-min(x)))}#定义ssGSEA_Score矫正函数 norm_ssGSEA_Score<-normalize(ssGSEA_Score)#对ssGSEA_Score进行矫正 ...
单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA),是GSEA方法的扩展,主要是针对单个样本无法做GSEA而设计。文章2009年发表于nature,题目为Systematic RNA interference reveals that oncogenic KRAS-driven cancers require TBK1。首先对给定样本的基因表达值进行秩次标准化,然后利用经验累积分布函...