对于单基因,你如果要做富集分析,有两种思路: 批量计算和这个基因相关的其他基因,把其他基因进行富集分析,这个富集分析结果就可以近似的看做是单基因的结果 根据这个基因的表达量进行分组,然后做差异分析,用差异基因做富集分析,这个富集结果,也是基于单基因的富集 这个思路同样也适用于其他分子,比如lncRNA,比如miRNA(miRN...
然后使用log|FC| > 1.5 和 p < 0.05 作为阈值参数,与低 EXO1 相比,本研究在高 EXO1 表达组中鉴定出 794 个差异表达基因(DEG)(659 个上调和 135 个下调)(图 1G)。其中六个最重要的 DEG 显示在图 1H 的单基因共表达热图中。 03 EXO1相关差异表达基因在HCC中的功能富集分析 然后,本研究使用“clusterPr...
1)找到跟这个候选基因有相互作用的其他基因,然后把这些基因一起拿去做富集分析。这个原理其实也很容易理解。一般来说,存在相互作用的基因,很可能在生物体内行使形同或者相似的功能,也很大的可能存在于同一条信号通路上上面。下面小编用视频给大家详细讲解一下如何通过STRING数据库得到候选基因的相互作用基因。 单基因GO...
本研究在TCGA患者的929个代谢相关基因中,有647个在正常和前列腺癌组织中存在差异表达,其中334个基因在肿瘤中表达上调,313个基因表达下调(图1A)。接下来,本研究对647个差异表达基因进行WGCNA分析,结果显示这些基因可以很好地聚集成6个基因模块,其中红色基因模块与较好的临床预后相关(图1B, C)。因此,本研究对红色基因...
为了确保我们的分析结果可靠,我们需要对基因的表达和预后标志物进行验证。这可以通过实验方法或生物信息学方法来完成。 体内、体外功能验证 🏥 最后,我们需要对基因的体内和体外功能进行验证。这可以通过细胞实验、动物模型等手段来完成,以确保我们的分析结果具有实际意义。 希望这份指南能帮助你更好地进行单基因分析,祝...
看了前面各种单基因分析的盘点后,今天小云再推荐一个分析方式---利用多组学,从多维度来论述同一个基因,讲究的是“螺蛳壳里做道场”,麻雀虽小五脏俱全。 比如,围绕着一个基因,从转录、蛋白、突变、表观和单细胞组等层面开展论述,将分析做到极致,玩出花来。
目前暂无Siglec15在膀胱癌的研究,因此,作者聚焦在Siglec15基因,分析该基因在膀胱癌中与肿瘤微环境的关系及分子分型,文章于2021年1月发表于Theranostics (IF: 8.579)。 数据介绍 外部队列: TCGA数据库:RNA-seq数据,somatic突变数据,甲基化数据。 GEO中膀胱癌转录组数据及预后信息:GSE13507, GSE31684, GSE48075, GSE...
通过之前分享的单基因生信分析--差异分析&生存分析可以获得目的基因在所研究样本中的表达情况和预后信息;进而通过单基因生信分析2--下游分析可以获得与目的基因关联密切的基因,进而富集获得其功能;此次,小王子接着分享接下来简单的湿实验,进而验证其功能。 衔接龙龙的分子克隆...
单基因纯生信分析思路..最近几年,生信数据挖掘得到越来越多的认可,不少人通过利用公共数据库的资源成功发表SCI文章,为自己毕业、职位晋升打通道路。虽然生信类文章数量骤升,纯生信发文越来越困难,但是每年也有不少此类文章出现。相
首先,分析了FBLN5、ELN、LOX、LOXL1、LOXL2、LOXL3和LOXL4 mRNA水平通过ROC判断预后的能力(图3A-G),Cox结果表明,FBLN5、ELN和LOX是预后相关基因。接着根据FBLN5、ELN和LOX的表达水平获得了预后风险评分,预后风险评分比单个基因具有更稳定的预后能力(图3H),K...