排除假阳性结果GWAS发现的显著性位点可能因多重检验或群体结构干扰产生假阳性。单倍型图通过分析显著性位点上下游区域的连锁不平衡(LD)结构,判断这些位点是否处于高度连锁的区块(Block)中。若基因位于Block内且被高LD区域覆盖,则说明该基因的关联性更稳定,假阳性风险显著降低。 识别连锁区域与单倍型结构单倍型图可直观展示SNP之间的
为解决传统全基因组关联分析(GWAS)在复杂基因组作物中基因定位效率低的问题,中国研究人员开发了基于基因水平功能单倍型(FH)的创新策略,通过对3,724份棉花种质资源的20个农艺性状分析,直接鉴定出532个具有育种潜力的数量性状基因(QTGs),并实验验证了关键基因GhFAH1在纤维品质改良中的作用,为植物功能基因高效挖掘提供了...
SimHap：功能：单倍型数据模拟：根据用户设定的参数，如基因频率、连锁不平衡程度等，生成具有特定特征的单...
RAINBOWR 不仅可以做基于 SNPs 集的GWAS(SNP-set GWAS),也可以做单个 SNP 的 GWAS(Single-SNP GWAS)、分析上位效应(SNP-set x SNP-set interaction)、绘制曼哈顿图和 QQ Plot,功能非常多。 RAINBOWR 稳定版可直接通过 CRAN 安装,最新版则需要通过GitHub(https://github.com/KosukeHamazaki/RAINBOWR): 代码语...
GWAS技术以其出色的性能,成功地利用了大规模的基因变异数据集,以识别可能导致特定表型的候选区域。然而,传统的GWAS和精细定位方法无法深入了解包含并受到导致性状变异的遗传变异影响的局部连锁基因组结构。 小果将带领大家探讨一项令人激动的新技术 - crosshap,它为我们提供了一种更深入了解基因组内部复杂结构的方法。传统...
单倍型分析 1.根据GWAS结果找到一系列基因 推荐使用rMVP,mrMLM等R语言包,速度快,直接出图 2. 对得到的结果利用snpEff或者annovar进行注释 注意选择对应的基因组文件(及染色体chr1/1) 为了搭配后面用的candihap软件,这里使用annovar进行注释 3.选择candihap软件进行单倍型分析 ...
结果表明，基于功能单倍型的GWAS共找到了18个与旗叶夹角、旗叶长和旗叶长宽比相关的QTL，而基因SNP的GWAS则只找到了3个与旗叶宽和旗叶长宽比相关的QTL。其中位于6B染色体、与旗叶长宽比相关的QTL在两种方法中共同检测到。结果进一步表明，functional haplotype-based比SNP-based具有更强的灵敏度和检测能力（图1）。...
包括中国的现代主栽品种、核心种质、地方农家种、不同历史时期释放的中国小麦代表性品种以及部分国外引进骨干亲本材料），进行了芽期耐盐性鉴定和该表型的全基因组关联分析（GWAS），并在我国老一辈科学家前期系统梳理的小麦系谱、亲缘关系的基础上，结合现代分子标记信息，对我国小麦种质耐盐性相关优异单倍型进行了溯源...
通过GWAS分析找到显著snp后，对这个snp进行单倍型分析，把群体分为了3种单倍型，结合表型做了显著性分析，...
2叭3年中国畜牧兽医学会养褚学分会学术研讨会等位基因平均效应分别为3.95l和4.539,而G等位基因平均效应分别为一O.917和一1.054,c等位基因替..