北京时间2024年11月5日，中国科学院动物研究所携手华大生命科学研究院、北京基因组研究所（国家生物信息中心），在Cell上发表研究成果，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，构建了全球首份多器官衰老时空图谱，增强了对衰老生物学机制的理解，找到了可用于衰老预警和评估的新型生物学标志物，并为进一步探索衰老的...
Stereo-seq芯片上布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状DNA纳米球(DNA NanoBall, DNB)。DNB是以单链环状DNA为模版,经过滚环扩增得到的产物,每个DNB直径为220nm,两个DNB中心点间距范围为500nm。 通过DNBSEQ技术对固定在芯片上的DNB进行测序,得到Coordinate ID(CID)信息,CID和DNB坐标位置一一对应,可以通过建立CID与坐...
如图1所示,Stereo-seq共包括DNB图案化阵列芯片的设计、原位测序以确定唯一条形码寡核苷酸的空间坐标、UMI-polyT寡核苷酸的点连接、从组织中原位捕获 RNA、cDNA 扩增及文库构建测序和最后的数据分析;且它与HDST、Slide-seqV2、Visium、DBiT-seq这几种报道的方法相比,Stereo-seq 每 100 μm 2具有更多的光斑,光斑尺寸...
Stereo-seq时空组数据分析方案中cellbin算法可以实现单细胞水平的分析。 我们前面谈到过,在把切片贴到芯片上之后,第一步就用 Qubit ssDNA(Invitrogen Q10212)染料对切片进行染色,并进行荧光拍照。 然后,在测序完成之后,就可以把测序得到的转录本和拍照得到的荧光照片,拟合在一起。 图中的白点,就是Qubit ssDNA染料显...
相较国际同类技术,Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500 nm的分辨率,同时捕获面积可达13 cmx 13 cm,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。与当前其他技术相比,在...
华大生命科学研究院作为领域的主要推动者之一,在2021年年初,发布了自主研发的时空组学技术Stereo-seq。相较国际同类技术,Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500nm的分辨率,同时捕获面积可达13cm×13cm,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。与...
相较国际同类技术,Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500 nm的分辨率,同时捕获面积可达13cm x 13cm,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。与当前其他技术相比,在相同的精度下,Stereo-seq具备更灵敏和更强的mRNA捕获能力。该技术作为新时代的分...
相较国际同类技术,Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500 nm的分辨率,同时捕获面积可达13cm x 13cm,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。与当前其他技术相比,在相同的精度下,Stereo-seq具备更灵敏和更强的mRNA捕获能力。该技术作为新时代的...
华大生命科学研究院作为领域的主要推动者之一,在2021年年初发布了其自主研发的时空组学技术Stereo-seq。相较国际同类技术,Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500 nm的分辨率,同时捕获面积可达13cmx13cm,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。与...
关于Stereo-seq 华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq,是一项实现超高通量、超高精度的全景式时空转录组技术。Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500 nm的分辨率,标准捕获芯片为1 cm×1 cm,同时可满足大面积芯片定制,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与...