物种进化:从以往的基因层面转向细胞层面研究,将推动我们更好地认识器官的演化过程 3、Stereo-seq技术原理 Stereo-seq*是华大自主研发的时空转录技术,该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术、可以实现同...
图中展示的,就是一个小鼠胚胎的空间表达图谱。 Stereo-seq时空组数据分析方案中cellbin算法可以实现单细胞水平的分析。 我们前面谈到过,在把切片贴到芯片上之后,第一步就用 Qubit ssDNA(Invitrogen Q10212)染料对切片进行染色,并进行荧光拍照。 然后,在测序完成之后,就可以把测序得到的转录本和拍照得到的荧光照片,拟...
Stereo-seq技术将认识生命空间表达的分辨率提高到500nm的亚细胞层级;可以通过图像识别细胞核位置,并结合算法实现单个细胞及分子信息的空间定位和检测;也可以通过binning的方式,识别组织中的不同功能区域。 如果您计划开展Stereo-seq的科研项目,欢迎联系我们~ 关于我们 武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉...
① 应用Stereo-seq技术获取了果蝇晚期胚胎(产卵后14~16h、16~18h)和3个(L1~L3)龄期幼虫发育阶段的时空转录组数据,转录本的空间模式均与之前原位杂交数据相匹配,并能鉴定到之前未检测到的转录本,为深入研究果蝇跨发育阶段的时空解析转录组提供了数据资源; ② 基于Stereo-seq数据,通过热点分析探索了果蝇晚期胚胎和...
综上所述,Stereo-seq 是一种基于 DNB 的空间分辨转录组技术,具有全基因组覆盖、细胞分辨率、高灵敏度和大视野。这些参数对于准确分析相对较大的中期和晚期哺乳动物胚胎的转录组异质性至关重要;且利用Stereo-seq 创建的 MOSTA,是一种可扩展的全景和高清转录组资源,用于了解小鼠器官发生,其提供了有关在小鼠器官发生的...
相较国际同类技术,Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500 nm的分辨率,同时捕获面积可达13cm x 13cm,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。与当前其他技术相比,在相同的精度下,Stereo-seq具备更灵敏和更强的mRNA捕获能力。该技术作为新时代的分...
虽然Stereo-seq在嗅球和大脑组织的侧向扩散控制方面存在不足,但在眼组织中其控制能力明显优于其他技术。这表明Stereo-seq在某些特定组织类型中可能具有独特的优势,能够为研究者提供更准确的mRNA空间分布信息。 然而,值得注意的是,下采样并不能解决Stereo-seq数据中的侧向扩散问题,这可能与该技术原理或实验操作相关。因此...
与当前其他技术相比,在相同的精度下,Stereo-seq具备更灵敏和更强的mRNA捕获能力。该技术作为新时代的分子 “显微镜”,为重新认知器官结构、生命发育、物种演化和定义人类疾病提供了底层工具,将推动继显微镜和DNA测序技术以来的生命科学领域第...
Stereo-seq芯片工作原理及小鼠胚胎发育时空转录组图谱。 Stereo-seq对E16.5小鼠整个胚胎单细胞分割和构成分析图。 Developmental Cell:斑马鱼胚胎发生过程中基因表达全景图谱及发育轨迹的时空映射 文章题目 Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes and developmental trajectories during zebrafish embryogenesis 主要...