如图2所示,Stereo-seq 检测到染料和聚合转录物的显着共定位,表明Stereo-seq可以细胞分辨率剖析成年小鼠大脑;为分析大脑数据,团队还对Stereo-seq数据进行了无监督 SCC,以识别不同的解剖区域,包括皮层和皮层下区域,例如海马、丘脑和纹状体等,证明了Stereo-seq 可以高灵敏度和大视野的无偏方式在空间上表征复杂组织的转录组...
利用原位杂交技术和空间增强分辨率组学测序(Stereo-seq),研究了洋葱鳞茎形成过程中海绵状叶肉细胞扩增相关的细胞类型分类和基因表达变化,从而揭示了鳞茎形成基因的功能作用。 图5. 空间RNA-seq揭示了代谢过程和洋葱鳞茎形成过程中基因表达的空间分布 6. 长雄野生稻根茎形成的时空转录图谱 期刊:Plant Biotechnology Journal ...
时空组学技术Stereo-seq由华大生命科学研究院自主研发，是一种原位全景式空间组学技术，可以从时间和空间维度研究细胞及分子在组织中的定位和功能，将认识生命空间的分辨率提高到了500纳米的亚细胞层级，视野最大可达13厘米x13厘米，被誉为“超广角百亿像素生命照相机”。高精度全景式细胞分辨率小鼠胚胎地图。华大集团供图...
本研究通过华大自主研发的高分辨率时空组学技术Stereo-seq,构建了单细胞分辨率的墨西哥钝口螈端脑原位再生和发育的空间转录组图谱。通过Stereo-seq实现了单细胞分辨率的成年蝾螈端脑脑区的分布和细胞类型的绘制,鉴定了成年蝾螈端脑有wntEGC、sfrp...
Stereo-seq*是华大自主研发的时空转录技术,该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术、可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录分析。该技术通过时空芯片捕获组织中的mRNA,并...
相较国际同类技术,Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500 nm的分辨率,同时捕获面积可达13cm x 13cm,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。与当前其他技术相比,在相同的精度下,Stereo-seq具备更灵敏和更强的mRNA捕获能力。该技术作为新时代的分...
Stereo-seq(时空组学技术)的点中心距离小于10 μm,显示了其卓越的空间分辨率。不仅如此,Stereo-seq能够捕获几乎整个组织区域,如成年小鼠的大脑和E12.5小鼠胚胎,表明其广泛的捕获能力。此外,Stereo-seq在小鼠胚胎组织上展现出了出色的扩散控制性能,为研究者提供了准确可靠的数据基础。
2021年1月19日,深圳华大生命科学研究院联合国内外多机构共同开发的全新空间转录组测序技术:Stereo-seq对外发布,该技术以前所未有的(亚细胞级)分辨率对组织切片进行高通量转录组分析,区域可扩展到厘米级,具有高灵敏度和均匀的捕获率。通过生成全面的健康和疾病体图谱以及进化和器官发育图谱,Stereo-seq及其未来的技术优化...
研究人员利用Stereo-seq技术生成的小鼠大脑和肾脏数据,验证了多尺度拓扑学(topological automatic cell type identification,TopACT)的卓越性能。Stereo-seq以其纳米级分辨率捕获全转录组基因的能力,为TopACT产出了极其丰富的数据支持,使得TopACT能够准确地将预测的细胞映射到核成像和特异性标记物的位置。