在医院科研合作协议中，知识产权归属通常明确规定为：合作期间产生的所有科研成果，包括但不限于专利权、著作权、技术秘密等知识产权，根据双方投入资源、贡献程度等因素进行合理划分。一般会明确说明哪些情况下知识产权归医院所有，哪些情况下归合作方所有，或者通过协商确定共有比例和使用权限。