“小杜的生信筆記”公众号、知乎、简书平台,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料! 一、前言 1.1 概念 加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴...
经验软阈值power当无向网络在power小于15或有向网络power小于30内,计算出的power无法达到要求时(即没有一个power值可以使无标度网络图谱结构R^2达到0.8且平均连接度降到100以下),可采用经验power值: 2. WGCNA运行 主要参考修改自以下代码: GEO/task4-NPC at master · jmzeng1314/GEO ·GitHub手把手10分文章WGC...
但是就其分析的过程来看,还是需要有一定R语言的基础才能完整的复现出来文章中的结果,这期就搞出来供大家参考,因为我自己尝试了一下结直肠癌的数据集,但是有些地方不太理想,故还是有软件包自带的数据来运行,终结起来就是输入两个文件,其他就是根据自己的数据集进行过滤,筛选,最终确定一个满意的基因集。
R语言进行WGCNA 加权基因共表达网络分析,保姆级教程,每一条代码均添加详细注释,或许值得你的一键三连呢, 视频播放量 20119、弹幕量 5、点赞数 479、投硬币枚数 371、收藏人数 947、转发人数 149, 视频作者 盛夏的果实丶丶, 作者简介 没有个性,就不签名了 Q:3526506301
加权基因共表达网络分析R包WGCNA纸鱼的世界 立即播放 打开App,看更多精彩视频100+个相关视频 更多 2.7万 60 01:06 App 给点流量吧!这样我真扛不住!买生物针都不够! 1643 0 04:29 App GEO基因表达信息库在线工具:差异表达分析软件GEO2R 51.7万 133 00:30 App 浓硫酸蘸饺子 8.0万 135 03:54 App ...
WGCNA R包根据表达数据构建“加权基因共表达网络分析”。最初发表于 2008 年,引用如下: 更多信息 Installing WGCNA install.packages(c("tidyverse", "magrittr", "WGCNA")) Overview The WGCNA pipeline is expecting an input matrix of RNA Sequence counts. Usually we need to rotate (transpose) the input...
allowWGCNAThreads()#允许R语言程序最大线程运行 enableWGCNAThreads()# 打开多线程 2.导入数据 myfiles<-list.files(pattern="*FPKM.csv")myfiles resdata<-read.table(myfiles[1],sep=',',header=T,row.names=1) 2.1 矩阵转置 Expr<-as.data.frame(t(resdata[,10:ncol(resdata)]))#names(Expr)=re...
经验软阈值power当无向网络在power小于15或有向网络power小于30内,计算出的power无法达到要求时(即没有一个power值可以使无标度网络图谱结构R^2达到0.8且平均连接度降到100以下),可采用经验power值: 2. WGCNA运行 主要参考修改自以下代码: GEO/task4-NPC at master · jmzeng1314/GEO · GitHub手把手10分文章...
采用R软件中的WGCNA包对GSE10072所有基因间的相关模式进行了研究,获得与临床信息相关的基因模块。计算各基因间Pearson相关系数,构建加权邻接矩阵amn=|Cmn|β,其中amn代表基因m与基因n的邻接系数;Cmn代表基因m与基因n的皮尔逊相关系数,通过选...
source("http:///biocLite.R"); biocLite("WGCNA") 2. 实战 # 导入数据 library(WGCNA) options(stringsAsFactors = FALSE) # 指允许R语言程序最大线程运行 allowWGCNAThreads() # 设置工作目录路径,R脚本语言和文件夹在同一个目录下 setwd("/Users/chengkai/Desktop/Test") ...