通路图 --- 图形绘 ##clusterProfiler功能富集##author:小杜的生信筆記setwd("D:\\小杜的生信筆記\\clusterProfiler功能富集")##导入相关的R包library(stringr)library(ggplot2)library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)library(topGO)library(enrichplot)##导入数据df<-read.csv("DEGs_ID.cs...
气泡图的制作相当复杂,如果手上有现成的文献使用了气泡图来表征功能富集分析的结果,也可以拿出来看一下。首先我们看x轴是Gene Ratio,对应的就是DAVID结果表格中的“%”一列;y轴是富集出来的通路或者GO Term;点的大小表示Gene数;点的颜色最为重要,代表P值的高低。 所以,图确实很好看,但是做起来实属不易,目前还...
模式动物基因功能KEGG/GO注释(ClusterProfiler) 模式动物有现成的OrgDb包,安装加载目标物种的R package就可以了。 ###模式动物(人为例)使用clusterProfiler进行GO/KEGG分析#Bioconductor 安装 clusterProfilerBiocManager::install("clusterProfiler")BiocManager::install("org.Hs.eg.db")install.packages("org.Hs.eg.db")...
功能富集分析请看前面的教程:https://www.zhihu.com/zvideo/1452795543651545088 GO、KEGG功能富集分析 | 功能富集网络图、热图绘制(代码重新)
GO功能富集分析气泡图 KEGG功能富集分析气泡图 “成分-靶点-通路”图 生化检测仪分析各组大鼠糖尿病相关指标的差异 8A. 24 hUTP;8B. Scr;8C. BUN;8D. 空腹血糖 ELISA试剂盒分析各组大鼠炎症因子水平 9A. TNF-α;9B. IL-1β;9C. IL-6 Nephrin和Podocin蛋白表达条带图 ...
[R语言可视化-精美图形绘制系列--功能富集分析 小杜的生信笔记 关注 专栏/[R语言可视化-精美图形绘制系列--功能富集分析活动[R语言可视化-精美图形绘制系列--功能富集分析 2022年10月13日 01:07525浏览· 0点赞· 0评论 小杜的生信笔记 粉丝:7909文章:17 关注...
Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析,结果可以以多种形式展示,最常用的包括:条形图/bar图,气泡图/dot图等,其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息: 名字,富集倍数(或者gene ratio),P值,基因count。 例如: 4维分析结果 做出来的例图如下 ...
典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集 线性模型 为了分析发炎和未发炎组织的差异表达,我们需要构建一个线性模型。线性模式是实验数据分析的常用方法,适用于几乎任何复杂的实验设计。后面我们专门出文介绍,推荐Mike Love和Michael Irizzary的genomics class和可汗学院的线性代数...
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题 1、最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。 成都创新互联公司长期为上千余家客户提供的网站建设服务,团队从业...
富集分析 接下来对AT1 vs AT2的差异表达基因进行功能富集分析。 python中使用的是gseapy包进行功能富集分析,需要安装在scanpy的conda环境中,并且这个包需要在联网状态下使用: # this method requires internet connection# 安装:conda install -c bioconda gseapy -yimport gseapy as gp # 查看包中都有哪些功能数据...