在上面的例子中,已知进入非经典分泌途径的第一种蛋白FGF1_HUMAN被正确地预测为非经典分泌蛋白。第二种经典分泌蛋白FGF4_HUMAN虽然分值高于0.5,但是给出了存在信号肽的警告。第三种蛋白质,ATRX_HUMAN,是一种已知的核蛋白,得分低于0.5,因此也被正确预测。 本地版命令行: $ secretomep -v -s test.fa > secretome...
非经典分泌蛋白 非经典分泌通路的蛋白预测给大家推荐的是SecretomeP软件 SecretomeP 在线网址: /services/SecretomeP/ 在线版同样方法提交序列之后获得如下结果: SecretomeP会为每条输入序列生成四个分数。其中决定性评分是“NN-score”,分值高于0.5,且没有信号肽警告的表示为非经典分泌蛋白。(官方对于细菌序列的推荐阈值为...
经典分泌蛋白预测涉及以下步骤：1. 确定序列包含信号肽但无跨膜结构域。2. 使用软件SignalP进行预测。该软件提供在线和本地版本。在线版本网址为cbs.dtu.dk/services/Sig...，本地命令行版使用命令$ signalp -t euk -m nn -trunc 70 -short seqfile。参数说明包括物种选择、分析方法（神经网络法或...
使用SignalP注释蛋白序列是否含有信号肽结构,使用TMHMM注释蛋白序列是否含有跨膜结构,最终筛选出含有信号肽结构并且不含跨膜结构的蛋白为分泌蛋白。 软件Software SignalP V6.0 SignalP 6.0 预测来自古细菌、革兰氏阳性细菌、革兰氏阴性细菌和真核生物的蛋白质中存在的信号肽predicts signal peptides and the location of...
SignalP和TMHMM是两种用于预测微生物分泌蛋白的工具。SignalP用于识别蛋白质序列中是否包含信号肽，这是引导新合成蛋白质分泌的短肽链。而TMHMM则检查蛋白质是否具有跨膜结构。筛选出同时具有信号肽但无跨膜结构的蛋白，即可确定为分泌蛋白。这两种软件对学术用户免费，但需要填写个人信息以获取下载链接（有效...
非经典分泌通路的蛋白预测给大家推荐的是SecretomeP软件 SecretomeP 在线网址: http://www.cbs./services/SecretomeP/ 在线版同样方法提交序列之后获得如下结果: SecretomeP会为每条输入序列生成四个分数。其中决定性评分是“NN-score”,分值高于0.5,且没有信号肽警告的表示为非经典分泌蛋白。(官方对于细菌序列的推荐阈值...
基于蛋白质哈斯矩阵图的分泌蛋白预测
ComputerEngineeringandApplications计算机工程与应用基于蛋白质哈斯矩阵图的分泌蛋白预测肖绚,徐培杰XIAOXuan,XUPeijie景德镇陶瓷学院机电学院,江西景德镇333403SchoolofMechanicalandElectronicEngineering,JingdezhenCeramicInstitute,Jingdezhen,Jiangxi333403,ChinaXIhOXuan。XUPeijie.PredictingsecretoryproteinsbasedonproteinHassematriximage...
目的:从大肠埃希氏杆菌uti89基因组中筛选出全部潜在的分泌蛋白并进行初步研究。方法:使用signalp3.0、tatp1.0、secretomep2.0等蛋白分析软件对5211个orf进行预测;对筛选出的信号肽及分泌蛋白的基本特征进行统计学分析;使用blast2sequences进行同源性分析。结果:共筛选出432个sec途径分泌蛋白,19个tat途径分泌蛋白,386个非经...
一种基于转录组测序预测分泌蛋白序列的方法或系统专利信息由爱企查专利频道提供,一种基于转录组测序预测分泌蛋白序列的方法或系统说明:本发明公开了一种基于转录组测序预测分泌蛋白序列的方法和系统。其中,所述方法包括以下步骤:获得转录组测...专利查询请上爱企查