本篇以半柔性分子对接(受体蛋白刚性,配体小分子柔性)为例。 一.材料准备 PS:手机码字,链接的话就只能自己手输了。 受体蛋白的pdb文件: 晶体结构已被X-ray或NMR解析 (1)在蛋白数据库中下载 一般3D结构是pdb格式。常用的一些数据库:UniProt;RSCB PDB 晶体结构未知 (2)同源建模 这个就暂不赘述了,知乎上也有很...
MOE分子对接结合能是指分子对接过程中,分子间的结合能。MOE软件是一款计算机辅助药物设计软件,可用于同源建模、对接、分子模拟等。在MOE软件中,分子对接是通过模拟两个或多个分子的结合过程来实现的。分子对接的目的是为了预测小分子与蛋白质的相互作用,进而了解其结合机制和构效关系。在对接过程中,可以通过对分子间相...
本期内容中,我们以MOE软件的对接为例,为大家分享分子对接的详细步骤以及在对接的基础上进行虚拟筛选的过程。 1.分子对接 ①配体准备 本例中配体分子由ChemDraw绘制2D结构,并保存为.mol格式,如下图: 通过File>Open来导入配体分子,点击界面右侧按钮“Minimize”对配体结构进行简单的优化,将优化后的构象保存为.mol2...
moe分子对接步骤 MOE分子对接的步骤如下: 1. 分子结构的准备: - 从蛋白质结构数据库(PDB)下载人源AChE:多奈哌齐复合物晶体结构(PDB ID:4EY7)。 - 从Drugbank数据库查询多奈哌齐的分子结构(ID:DB00843),并将.mol文件保存至用户文件夹。 2. 小分子的准备: - 质子状态计算:设置pH=7.5,计算小分子不同...
MOE分子对接1. 对接步骤2.结果分析3.表面图的制作,对接位点等等, 视频播放量 56229、弹幕量 22、点赞数 652、投硬币枚数 410、收藏人数 1481、转发人数 649, 视频作者 周末sunshine, 作者简介 药物生物信息学研究生网络药理学、分子对接,相关视频:MOE分子对接准备—蛋白
九章算科技 MOE分子对接是MOE软件的一项强大功能,它能帮助研究人员深入理解药物与靶分子之间的相互作用。通过分子结构预处理、对接参数设置以及数据分析等步骤,可以在计算机上模拟出分子间的结合情况,为药物研发提供有力支持。如果您对MOE分子对接有更具体的了解需求,比如操作流程或者案例分享,我也可以为您详细介绍哦!
在MOE中进行分子对接(molecular docking)和诱导拟合(induced fit)的精细调整(refinement)通常需要设置一些参数。以下是一些可能用到的参数: 1. Scoring Function(评分函数):用于评估配体-受体相互作用的好坏,常见的评分函数包括London dG, London dG (GBVI/WSA)等。 2.搜索算法参数:包括搜索的迭代次数、采样间隔等。
1. 分子对接 配体准备：使用ChemDraw绘制2D结构，保存为.mol格式。导入MOE，进行优化后保存为.mol2格式。新建数据库，导入优化后的配体分子构象。受体准备：下载受体（如phosphodiesterase 4B）的晶体结构，导入MOE，进行预处理，修正结构、质子化、删除未结合水分子、进行能量优化。分子对接：准备配体与受体...
MOE分子对接教程 MOE分子对接教程 1.在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白（PDB或moe文件）点击Compute→prepare→Protonate3D（使质子化）点击OK。打开SEQ面板
MOE 分子对接教程 1. 在 MOE窗口 open 打开一个有小配体的蛋白( PDB或 moe文件) 点击 Compute→prepare →Protonate 3D (使质子化) 点击 OK。打开 SEQ面板 删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子 在 MOE窗口右边点击 SiteView 点击 System,改变配体颜色 使得小配体显示绿色 C 骨架 在 MOE窗口点击 Surfa...