分子对接结果表明10个核心靶点与5个关键化合物之间绝大多数结合能小于−5 kcal/mol,表明能够较好地产生相互作用,尤其各化合物与ALB、AKT1、GAPDH、EGFR之间结合能多数小于−7 kcal/mol,提示这些靶点很可能在异功散治疗小儿厌食症过程中起到更为重要的作用。 本研究利用网络药理学和分子对接技术发现异功散治疗小儿...
分子对接结果表明10个核心靶点与5个关键化合物之间绝大多数结合能小于−5 kcal/mol,表明能够较好地产生相互作用,尤其各化合物与ALB、AKT1、GAPDH、EGFR之间结合能多数小于−7 kcal/mol,提示这些靶点很可能在异功散治疗小儿厌食症过程中...
分子对接结果显示,原百部碱、黄柏内酯、大豆素、百部生物碱、异原百部碱等化学成分与表皮生长因子受体(EGFR)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、Toll样受体4(TLR4)等靶点对接结合能均<−7.0 kcal/mol,说明蛋白与分子之间能稳定的结合。异原百部碱与CXCL8在ARG-26、GLN-8处形成氢键,黄柏内酯与CXCL8在ARG-26、LYS-42...
从细胞毒性中筛选出的4种毒性成分与10个核心靶点对接,结合能大小被用来评估对接结果。如果结合能小于0,则配体可以自由地与受体结合;结合能小于-5 kcal/mol,表明该成分与靶蛋白具有良好的结合活性。如表5所示,所有的结合能都小于−7 kcal/mol,表明这些成分与靶点之间具有很强的亲和力。 表5不同靶点和成分之间的...
分子对接结果显示,原百部碱、黄柏内酯、大豆素、百部生物碱、异原百部碱等化学成分与表皮生长因子受体(EGFR)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、Toll样受体4(TLR4)等靶点对接结合能均<−7.0 kcal/mol,说明蛋白与分子之间能稳定的结合。异原百部碱与...
烯酸、金合欢素、木犀草素等桑叶-菊花的主要活性成分与JUN、PTGS2、MMP9、MMP1、CCND1等高血压核心靶点进行逐一对接,结合能小于0提示配体与受体可自发结合,且结合构象越稳定,所需结合能越低,≤-4.25 kcal/mol说明有一定结合活性,≤-5.0 kcal/mol说明有较好结合活性,≤-7.0 kcal/mol说明有强的结合活性(见图7)...
受体-配体的结合程度可以通过分子对接结果中的结合能水平来判断。如果结合能小于-20.92 kJ·mol-1,说明目标物与化合物有一定的结合活性,结合能越低,对接效果越好。将核心化合物槲皮素、山柰酚、苦参碱、黄豆黄素与PPI网络中得到度值靠前的核心作用靶点AKT1、TNF、IL6、VEGFA、CASP3、IL1B、CCL2、MAPK14进行分子对...
使用Autodock Vina进行分子对接并计算结果,受体-配体的结合程度可以通过分子对接结果中的结合能水平来判断。如果结合能小于−5 kJ/mol,说明目标物与化合物有一定的结合活性,结合能越低,对接效果越好,用PyMOL对结果进行可视化[13]。 2.8体内实验验证 2.8.1模型建立、分组与给药C57BL/6J雄性小鼠随机分为对照组、...
其中 β-谷甾醇、脱水内酯和丁香树脂二甲醚与 JAK2、MAPK8 和 SRC,以及槲皮素和枫马京与 ESR1、JAK2、MAPK8 和 SRC 的结合能均小于-7 kcal/mol,说明药物与靶点之间具有较强的结合活性。随后利用 PyMol(www.pymol.org)对 6 个肉苁蓉有效成分与其结合活性最高靶点的分子对接结果进行可视化分析,如图 6 所示。
”Analyze-Docking-Open”,打开小分子dlg文件,“Analyze-Macromolecule-Open”,打开大分子的pdbqt文件,”Analyze-Conformations-Play ranked by energy“,播放对接结果,点击对话框倒数第二个键设置可查看的内容,一般以结合能和氢键为考察指标,结合能应小于0;”Analyze-Glustering-Show“查看直观的结合能分布图,分子对接...