结合能:结合能的大小是评价分子对接结果的一个重要指标。一般来说,结合能低于-7kcal/mol表示对接结果比较稳定,也有观点认为低于-5kcal/mol就可以表示对接结果比较稳定。但总体来说,当然是越低越好。 氢键:氢键的形成是评价分子对接结果的另一个重要指标。即使结合能最低,但如果配体与蛋白之间的氢键相互作用不合理,...
分子对接结果表明10个核心靶点与5个关键化合物之间绝大多数结合能小于−5 kcal/mol,表明能够较好地产生相互作用,尤其各化合物与ALB、AKT1、GAPDH、EGFR之间结合能多数小于−7 kcal/mol,提示这些靶点很可能在异功散治疗小儿厌食症过程中起到更为重要的作用。 本研究利用网络药理学和分子对接技术发现异功散治疗小儿...
分子对接结果表明10个核心靶点与5个关键化合物之间绝大多数结合能小于−5 kcal/mol,表明能够较好地产生相互作用,尤其各化合物与ALB、AKT1、GAPDH、EGFR之间结合能多数小于−7 kcal/mol,提示这些靶点很可能在异功散治疗小儿厌食症过程中...
分子对接结果显示,原百部碱、黄柏内酯、大豆素、百部生物碱、异原百部碱等化学成分与表皮生长因子受体(EGFR)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、Toll样受体4(TLR4)等靶点对接结合能均<−7.0 kcal/mol,说明蛋白与分子之间能稳定的结合。异原百部碱与CXCL8在ARG-26、GLN-8处形成氢键,黄柏内酯与CXCL8在ARG-26、LYS-42...
分子对接结果显示,原百部碱、黄柏内酯、大豆素、百部生物碱、异原百部碱等化学成分与表皮生长因子受体(EGFR)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、Toll样受体4(TLR4)等靶点对接结合能均<−7.0 kcal/mol,说明蛋白与分子之间能稳定的结合。异原百部碱与...
烯酸、金合欢素、木犀草素等桑叶-菊花的主要活性成分与JUN、PTGS2、MMP9、MMP1、CCND1等高血压核心靶点进行逐一对接,结合能小于0提示配体与受体可自发结合,且结合构象越稳定,所需结合能越低,≤-4.25 kcal/mol说明有一定结合活性,≤-5.0 kcal/mol说明有较好结合活性,≤-7.0 kcal/mol说明有强的结合活性(见图7)...
保留了最低自由结合能小于-7的配体小分子，再用pymol查看靶点和筛选出来的配体的结合情况，发现打开了...
结合能均小于−1.2 kcal/mol(1 kcal=4.2 kJ),表明核心成分与关键基因对接结果良好,在自然状态下能够结合。 图2 RC 核心成分与关键基因的分子对接结果 颜色由白色到蓝色渐变,分子对接结合能数值越小,蓝色越深 图选项 下载全尺寸图像 下载幻灯片 3 讨论 RC 在 AD 或 T2DM 的防治上均具有一定的作用。
将5种关键成分和27个关键靶点分别进行分子对接。结合能如果小于0则表明2个分子之间能自发结合,并且结合能越小提示构象越稳定,一般认为,结合能小于-7kcal/mol表示结合活性较好,小于-9kcal/mol表示结合活性非常强。将对接结果绘制成热图,见图2。 图2 分子对接结果热图 ...
KEGG 通路富集分析得到阿尔茨海默病、2型糖尿病以及高级糖基化终末产物-受体（AGE-RAGE ）、Janus 激酶-信号传导及转录激活蛋白（JAK-STAT ）、核因子κB （NF-κB ）、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触等信号通路。分子对接结果提示五子衍宗丸关键成分与关键靶点有较好的结合活性。 结论 五子衍宗丸可能是通过减轻...