分子对接:用AutoDock Vina 软件分别将7个共同的化合物与3CLpro蛋白 (PDB: 6LU7)进行分子对接,筛选标准为结合能≤− 5.0 kcal/mol。结果见下表和图,说明7个分子都与3CLpro蛋白有潜在结合。 5. 实验验证:分别用SPR, FRET, TSA实验验证5个可溶的活性成分(quercetin, luteolin, kaempferol,naringenin, epigalloc...
分子对接结合能的概念主要来源于量子化学,它用于计算不同类型分子结构之间的能量关系。这种能量关系可以用来预测分子对接程度,以及分子接合反应生成的新物质的质量。研究表明,分子对接反应的能量强度与分子的特性有关,如分子的大小、形状和电荷分布等。 在许多领域,分子对接结合能都被广泛应用,如生物医学、材料科学和药物...
结合能表示在两个分子之间形成复合物时释放或吸收的能量。 分子对接是一种计算化学方法,用于预测和研究分子之间的相互作用,尤其是蛋白质和小分子之间的相互作用。在对接过程中,小分子(通常是药物候选物)与蛋白质等生物分子结合,形成一个稳定的复合物。 结合能包含以下主要贡献: 范德华力(Van der Waals forces):指...
一般来说,小分子配体的结构越符合蛋白质的结合口袋,其对接的结合能标准就会更高。 2.蛋白质的结合口袋:蛋白质的结合口袋大小、形状、电荷等性质会直接影响小分子配体与蛋白质的对接结合能标准。如果结合口袋与小分子配体的结构不匹配,则对接的结合能标准可能很低。 3.溶剂条件:溶剂的种类和性质也会影响小分子配体...
分子对接是一种计算化学方法,用于研究分子之间的相互作用。强结合(或高亲和力)通常指的是分子之间的相互作用非常紧密,结合力非常强。在分子对接中,强结合可以表示为两个分子之间的结合能非常高,通常在6.5千卡/摩尔以上。 分子对接强结合6.5的含义是指在分子对接研究中,两个分子之间的结合能达到6.5千卡/摩尔以上。这种...
分子对接的最低结合能是通过构建分子对接系统,对分子位置进行搜索,找到最中心的结合模式,得到最小的结合能。分子对接有两种方法,一种是机械式分子对接(也叫刚体对接),它假设受体和配体不会改变形状,只是在空间中平移旋转。另一种是灵活分子对接,它考虑到受体和配体在结合时会互相影响,形状和构象可能发生改变。 最低...