分子对接(Molecular Docking)是一种重要的计算化学方法,用于模拟和预测生物大分子(如蛋白质、DNA等)与小分子配体(如药物、底物等)之间的相互作用。这种方法在药物研发、酶工程、生物化学等领域具有广泛的应用价值。 二、基本原理 受体与配体的识别: 分子对接的基础是受体(通常是蛋白质或酶的活性位点)与配体(小分子
分子对接的目的是预测和理解小分子(配体)和靶标蛋白之间的结合作用。通过研究蛋白质结构和功能的原理,研究人员可以提高分子对接研究的准确性和可靠性,从而使药物开发过程更加有效。 为了阐明蛋白质结构,目前已建立起多种成熟的实验技术。X射线晶体学是一种广泛使用的方法,通过分析通过蛋白质晶体的X射线的衍射图案来确定...
图1,分子对接示意图 02 分子对接的底层原理 就像我们眼睛所能看到的各个物体均遵守包括牛顿定律、法拉第定律及热力学定律等物理化学定律一样,微观尺度的原子或分子也不例外,同样遵循着这些自然法则。因此,我们就可以通过这些物理化学定律来对原子或分子进行建模计算,从而来对药物与靶标蛋白的结合过程进行模拟和计算,获取...
分子对接技术的原理包括:对接计算的基本原理、调和函数的基本原理、分子模型的建立原理、复杂分子的空间构型原理、分子对接参数的构建原理以及分子对接技术的应用原理。 1、对接计算的基本原理 对接计算的基本原理是分子对接技术的基础,它是根据分子结构和物理参数,通过计算机计算来预测分子间的相互作用的一种技术。它的目的...
分子对接是一种通过计算预测小分子与靶标生物大分子(如蛋白质)结合模式及亲和力的技术,其原理基于分子间的几何互补性与能量匹配(如静电相互作用、氢键、范德华力等)。 1. **定义判断**:分子对接的核心是预测结合模式与亲和力,题中询问“是什么”,答案需包含预测结合模式及靶标类型。2. **原理分析**:分子对接...
分子对接的原理是基于分子之间的相互作用力,主要涉及键的形成与破裂、范德华力、静电相互作用和氢键等。 1.键的形成与破裂:分子对接中的关键问题是理解药物与蛋白质之间的键的形成与破裂过程。药物分子通过与蛋白质上的活性位点相互作用,形成稳定的配位键。而非特异性的键则可以通过“握手”模型来解释。 2.范德华...
(一)概念:在受体三维结构已知的基础上,通过受体和药物分子之间的几何匹配和能量匹配而相互识别的过程。 (二)原理:分子对接是将已知三维结构数据库中的分子逐一放在靶标分子的活性位点处。通过不断优化受体化合物的位置、构象、分子内部可旋转键的二面角和受体的氨基酸残基侧链和骨架,并预测其结合模式、亲和力和通过打分...
分子对接(molecular docking)是一种计算化学方法,旨在预测蛋白质与小分子之间的结合模式和亲和力,最早主要用于药物设计和发现。后来在酶发现与催化领域也被广泛应用。分子对接的基本思路是,先通实验表征或计算模拟的方式获得蛋白质和小分子的三维结构,然后尝试将小分子“对接”到蛋白质的合适位置上,并计算它们之间的相互...
在分子对接中,例如在蛋白质与小分子配体之间,如果小分子中的氨基与蛋白质中的羧基之间能够形成氢键,这将对它们的结合稳定性有重要贡献。 疏水相互作用也是非常关键的。在水溶液中,非极性的分子或分子片段倾向于聚集在一起,以减少与水的接触面积。对于分子对接来说,小分子配体中的疏水基团可能会与大分子受体中的疏水...