北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)举办的“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”是系统性学习分子动力学模拟的不可多得的理想途径。本培训既适合初学者从零起步迅速上手分子动力学模拟,也非常适合已经具备一定研究经验者提升整体模拟水平。本培训涉及的内容相当广泛、极其系统,对分子模拟技术和GROMACS程序...
分子动力学模拟GROMACS初期培训班 GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件,开源免费,可扩展性强,计算速度快,主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟,亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持Amber、CHARMM、GROMOS、OPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯...
04.LAMMPS计算模块、LAMMPS用户图形界面、大量力场免费使用。 分子动力学培训班 2024年12月3日-12月5日,我们特别推出“分子动力学培训班”,3天线上培训,由专业讲师团队精心打造,小班化教学,微信群专人答疑,欢迎大家报名! 2024年12月3日-12月5日 课程(录播)+ 上机(直播)模式 课程视频提供三个月无限次回放 2000...
北京科音分子动力学与GROMACS培训班不仅对于GROMACS使用者是极为宝贵的学习机会,AMBER、NAMD、Lammps等其它分子动力学模拟程序的使用者的水平在此次课程中也能得到很大提高,因为相关模拟理论、各种问题模拟的背景知识、分析方法、可视化程序的使用在很大程度上都是共通的。对于未来要参加“北京科音CP2K第一性原理培训班”(...
本次培训课程,MD资深技术专家还将运用LAMMPS+PYTHON带领学员进行金属颗粒在陶瓷表面的润湿角计算。 高手必会③: 本次课程还会讲解VMD可视化工具的运用,VMD是一款非常小而精致的可视化工具,也是业界非常常用且功能强大的分子动力学可视化软件。 案例:聚乙烯醇水溶液的氢键计算(LAMMPS+VMD) ...
虚拟筛选:虚拟筛选(virtual screening,VS)也称计算机筛选,即在进行生物活性筛选之前,利用计算机上的分子对接软件模拟目标靶点与候选药物之间的相互作用,计算两者之间的亲和力大小,以降低实际筛选化合物数目,同时提高先导化合物发现效率。 分子动力学:分子动力学是一门结合物理,数学和...
分子动力学模拟概述 分子动力学方法通常包含经典分子动力学方法和第一性原理分子动力学方法,而第一性原理分子动力学通常包含波恩·奥本海默分子动力学和Car-Parrinello 分子动力学。与昂贵的第一性原理分子动力学方法比较,经典分子动力学(CMD)...
Gromacs免费公开课。Cromacs分子动力学专题培训动力学及常见的案例分析🔔今晚7:30即将开播 #天玑智研·学术共享平台 - 天玑算-科研服务于20241008发布在抖音,已经收获了1个喜欢,来抖音,记录美好生活!
1.6分子动力学模拟流程 二、LAMMPS入门学习 2 LAMMPS入门操作基础 2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令 2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装 2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法,针对自己体系编译可执行文件。
四、培训内容 针对gromacs软件的常用模块进行教学,包括蛋白与配体模拟分析,离子液体,小分子与细胞膜相互作用,同时介绍gromacs中的各分析模块使用功能。具体内容如下: 1. 蛋白与配体模拟分析 蛋白质的预处理,配体分子建模 1.1分子动力学模拟的力场 1.2.分子动力学模拟的参数及方法 ...