19年Science上的一个组合相关性图(下图所示)变得流行起来,其中的绘图部分和ggplot2包也有千丝万缕的联系,用来展示环境因子和物种的关系特别好用。唯一的缺点可能就是使用时需要熟练掌握R软件和包的安装了。 打开凌波微课云平台,搜索:相关性组合图 Science 2019 ...
1.背景介绍 菌种鉴定是微生物学研究中经常需要使用的工具,在确定菌株系统发育地位、进行基因组测序前都需要进行菌种鉴定。 菌种鉴定中通常使用的是一代测序。从测序公司拿到结果后,需要到NCBI使用blast比对,根据比对结果构建进化树,这个时候需要熟悉NCBI blast的使用方法,同时还需要掌握Mega等软件的操作。 现在,凌波微课...
韦恩图（Venn diagram），是用于展现集合之间大致关系的一类图形，常见于多个或多组样本共有或特有信息的可视化展示。其中，圆形或椭圆形重合部分（overlap区域）就是集合与集合元素的交集（共有部分），非重叠部分即为特定集合的特有元素（独有部分）。韦恩图常用于微生物组研究（扩增子测序、宏组学研究）...
LEfse分析即LDA Effect Size分析,可以实现多个分组之间的比较,还进行分组比较的内部进行亚组比较分析,从而找到组间在丰度上有显著差异的物种(即biomaker),主要是通过非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验来实现的。 LEfSe2.0在线工具在1.0工具基础上,增加了LDA判别分析结果文件(仅含差异显著)。增加差异特征图,以及所有结果图...
1.1.2.按分组进行绘图 这一步可以选择手动输入或者上传文件,可以选择是否绘制分组圈,示例文件格式如下图,第一列为样品名,第二列为分组编号。上传文件后点击“提交”即可。 1.2.查看任务 提交任务后,点击界面右侧的“PCA历史任务”模块,可以看到任务编号、提交时间、结束时间和状态。
1.背景介绍 edgeR是一个R软件包,也转录组差异表达分析中常用的工具,主要关注的是差异表达基因,甚至可以进行无重复的差异表达分析。它的作用对象是readcount文件,行...
在线绘图|凌波微课云平台搞定菌种鉴定分析 1.背景介绍 菌种鉴定是微生物学研究中经常需要使用的工具,在确定菌株系统发育地位、进行基因组测序前都需要进行菌种鉴... bunny的后花园阅读 926评论 0赞 2 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、... 典型医学设计实验GEO数据分析 (step...
CCA或RDA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。此分析是主要用来反映菌群与环境因子之间关系。RDA是基于线性模型,CCA是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。