最常用有效的方法,是可以根据RNA测序或者基因芯片的表达量结果来筛选候选的内参基因。比如,筛选不同细胞类型、不同组织、不同处理条件下稳定表达的基因作为候选内参基因。 常用的内参基因筛选软件有geNorm、NormFinder和BestKeeper,这三种软件都是专门用于筛选内参基因稳定性的软件,但这3种软件的使用方法和分析的侧重点各不...
在选择管家基因作为内参时,首先要按不同类型的分子选择正确的内参。曾看到有人用检测miRNA时选择了GAPDH作为内参呢。 a、检测mRNA时的内参 通常使用的是GAPDH、beta-actin、tubulin GAPHD GAPDH GAPDH是糖酵解反应中的一个酶,由4个30-40kDa的亚基组成,分子量146kDa。该酶基因为管家(house keeping)基因,几乎在所有...
关于内参基因的选择 关于内参基因的选择 实验内参，即是在检测细胞内分子表达变化时选择的参照物，其在细胞内的表达相对恒定，在处理因素作用条件下不会发生表达改变的基因。内参同样可以校正上样量、上样过程中存在的实验误差，保证实验结果的准确性。1、管家基因 最普通的内参是内源性参照基因，也就是管家基因（...
实验内参,即是在检测细胞内分子表达变化时选择的参照物,其在细胞内的表达相对恒定,在处理因素作用条件下不会发生表达改变的基因。内参同样可以校正上样量、上样过程中存在的实验误差,保证实验结果的准确性。 1、管家基因 最普通的内参是内源性参照基因,也就是管家基因(持家基因,house keeping gene)。 管家基因是一...
关于内参基因的选择 实验内参,即是在检测细胞内分子表达变化时选择的参照物,其在细胞内的表达相对恒定,在处理因素作用条件下不会发生表达改变的基因。内参同样可以校正上样量、上样过程中存在的实验误差,保证实验结果的准确性。 1、管家基因 最普通的内参是内源性参照基因,也就是管家基因(持家基因,house keeping gen...
内参基因是指在大多数样品类型中普遍表达,其丰度通常不受生物条件变异影响的基因。选择内参基因需要遵循以下原则: 高度或中度表达:内参基因的表达水平应相对稳定,不能过高或过低。 表达稳定:在不同条件下,内参基因的表达量应保持一致。 不同样本类型选择不同的内参基因:针对不同的样本类型,需要选择合适的内参基因。
我们在进行qPCR实验时,对于内参基因的选择往往会不假思索地选择GAPDH和β-actin或18S rRNA之类的内参基因。貌似除了这些,我们并没有别的更好的选择。即使你对这些基因产生了质疑,无论是查阅参考文献还是与师兄师姐讨论过后,依旧还是义无反顾的选择之前的选择。久而久之,GAPDH和β-actin或18S rRNA三位在内参基因界的...
首先,内参基因的评估可通过geNorm、BestKeeper、NormFinder、RefGenes 等工具来进行验证,这是保证结果可靠准确的前提。其次,可对候选的内参基因进行qPCR 实验做进一步的筛选: 1) 选择多个候选的内参基因或者表达量保守的基因; 2) 针对这些基因进行qPCR实验; 3) 分析这些基因的表达稳定性,即比较各样品中Ct平均值以及Ct...
因此,选择适合自己试验体系的、特异性稳定表达的内参基因,显得尤为重要。 首先,我们可以通过以下方式获取内参 (1)通过查询相关文献,获取内参; (2)通过查询数据库,获取内参; ICG网站: http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page ICG数据库中...
关于内参基因的选择很多初级的实验人员很少会去思考这个问题,因为摆在面前的只有两种选择,β-actin和GAPDH,甚至在很多人长期的观念中对于内参的认知也仅仅停留在是一个表达量相对较高较稳定的看家基因,对于分子层面相对表达量的一个重要参照而已,至于为什么要选这两种,还有没有其他的内参,人们的回答往往是“Sorry,I do...