为了解决上述问题,同时促进草莓的基因鉴定和育种改进,近期中国农业科学院郑州果树研究所和中国农业科学院深圳农业基因组研究所等团队,为红颜草莓组装了一个高质量、无间隙的八倍体基因组,并对该品种亚基因组之间 DNA 甲基化的变化进行分析。该课题组先将红颜草莓的 4 个亚基因组,与现有的二倍体基因组的全基因...
近日,中国农业科学院郑州果树研究所草莓种质改良团队联合深圳农业基因组研究所共同发布八倍体草莓端粒到端粒基因组,系统解析了八倍体草莓亚基因组结构和遗传分化,并解析了亚基因组的表观遗传进化机制。相关成果发表于《园艺研究(Horticulture Research)》。记者了解到,该研究以红颜草莓为材料,从头组装八倍体草莓端粒...
近日,中国科学院昆明植物研究所中国西南野生生物种质库云南省作物野生近缘种现代组学朱安丹专题组深入解析了八倍体草莓的起源和遗传分化特征。该研究提出了一套适用于多倍体的ALLHiC迭代挂载流程,构建了两个八倍体野生草莓智利草莓 (F. chiloensis)和弗州草莓 (F. virginiana)染色体水平的高质量分型基因组。基于kmer-ba...
为了解决上述问题,同时促进草莓的基因鉴定和育种改进,近期中国农业科学院郑州果树研究所和中国农业科学院深圳农业基因组研究所等团队,为红颜草莓组装了一个高质量、无间隙的八倍体基因组,并对该品种亚基因组之间 DNA 甲基化的变化进行分析。 该课题组先将红颜草莓的 4 个亚基因组,与现有的二倍体基因组的全基因进行...
图1二倍体和八倍体草莓基因组的共线性(a.本研究中的八倍体草莓和二倍体的F. vesca基因组宏观共线性比较,红色为F. vesca,紫色为F. nipponica,蓝色为F. iinumae,F. viridis是绿色;b. 1号染色体四个同源拷贝的基因保留模式,颜色编码同a。c.二倍体F. vesca和八倍体草莓的四个同源区在1号染色体某区域上的...
该课题组先将红颜草莓的 4 个亚基因组,与现有的二倍体基因组的全基因进行比对,从而揭示出八倍体草莓的 ABBxBx 基因组结构。 然后,他们又对亚基因组结构、重复序列和 DNA 甲基化进行比较分析,发现亚基因组 A 占据主导地位,而其他 3 个亚基因组(B、C 和 D)则表现出相似的结构,即平行的亚基因组进化。
为了解决上述问题,同时促进草莓的基因鉴定和育种改进,近期中国农业科学院郑州果树研究所和中国农业科学院深圳农业基因组研究所等团队,为红颜草莓组装了一个高质量、无间隙的八倍体基因组,并对该品种亚基因组之间 DNA 甲基化的变化进行分析。 该课题组先将红颜草莓的 4 个亚基因组,与现有的二倍体基因组的全基因进行...
草莓果实具有的特殊香气和丰富的营养价值,深受消费者喜爱。培育高产、优质、抗病的草莓品种一直是育种者的重要目标,而基因组解析是草莓育种的基础。栽培草莓是异源八倍体(2n=8x=56),在遗传上高度杂合,因此,获得栽培草莓高质量单倍型基因组...
近日,Nature Genetics在线发表了来自美国密西根州立大学、加州大学戴维斯分校及其它多所大学的研究人员联合完成的一篇题为Origin and evolution of the octoploid strawberry genome的研究论文,报道了几近完整的草莓参照基因组,为了解草莓的起源和演化历史提供了新的见解。
近日,中国科学院昆明植物研究所中国西南野生生物种质库云南省作物野生近缘种现代组学朱安丹专题组深入解析了八倍体草莓的起源和遗传分化特征。该研究提出了一套适用于多倍体的ALLHiC迭代挂载流程,构建了两个八倍体野生草莓智利草莓 (F. chiloensis)和弗州草莓(F. virginiana)染色体水平的高质量分型基因组。基于kmer-base...