元动力学用于增强分子动力学模拟中的采样,并将自由能表面重构为几个选定自由度的函数,通常称为集体变量(CV)。在元动力学中,在CV空间中自适应构造的与历史相关的偏置势可以加速采样,从而对对原始算法进行了显著的改进,高效、灵活和准确等优点使其在多个科学领域发现了许多成功的应用。 介绍 自20世纪50年代后期分子动...
元动力学(metadynamics)是一种用于计算系统自由能的方法。与传统的计算方法不同,元动力学克服了“局部极值陷阱”的问题,从而更准确地计算出自由能。同时,它还可以提供系统的动态演化图像,使研究者更加直观地了解系统的行为和特性。 元动力学与传统的分子动力学模拟方法类似,都是利用数值计算来模拟分子的运动和相互作用...
元动力学(Metadynamics, mMD)是一种在分子动力学模拟中增强采样的方法，它可以将自由能面转变为由几个自己选定的自由度的函数，这些自己选定的自由度通常叫做集合变量(collective variable, CV)。在元动力学中，基于CV构建了的与历史相关的偏置势能(具体形式如下，由一系列离散的基于CV的高斯函数累加而成)可以帮助某...
又由于笔者目前做的是气相分子的元动力学内容,官方给出的CP2K跑元动力学的输入文件是关于周期性体系的,对笔者研究的体系又不适合,所以可以说笔者学习CP2K的元动力学内容刚开始可以说是毫无思路,一点头绪都没有。但幸运的是,经过这几日笔者的不懈查找,终于找到了一篇关于有机化合物的cp2k跑元动力学的文章,文章里...
对于质点 — 弹簧系统的振动,大家比较熟悉,例如一个自由度为n n 的质点 — 弹簧振系,其动平衡方程为 P K C M & & &第五章 有限元动力学分析基本原理 ...
最后得到的势能曲线取1.3nm-0.4nm这部分考察，发现有较显著的差异，元动力学的最大势垒比伞形采样高...
Metadynamics：PWmat+PLUMED实现元动力学算例的详解如下：Metadynamics简介：定义：元动力学是一种增强采样的方法，用于分子动力学模拟中。原理：它将自由能面转变成由几个选定的自由度的函数，这些自由度称为集合变量。通过在这些CV上累加高斯势，推动系统探索相空间，从而越过自由能垒，更容易观察到亚稳态...
β 波段变化:多个先前的研究在急性 SCC LFP 动力学中发现了 β 波段的变化,本研究中慢性刺激后 β 波段功率的最终增加表明,持续的抗抑郁反应与短暂的行为刺激效应不同,可能由不同的机制介导,包括刺激诱导的可塑性。β 波段活动在许多研究情绪障碍的研究中被认为是功能障碍的重要标志,本研究中观察到的 β 波段变化...
这就是元动力学排斥力的一种直观表现——物质间因某些特性产生的相互拒斥。元动力学排斥力究竟是什么？它并不是我们通常在日常生活中能够直接感受到得力。它隐藏在分子、原子之间是一种源于物质基本组成的力量。让我们从原子层面说起。原子内部有核外电子围绕原子核运动，而这些电子之间由于某种原因——比如说量子效应...