1、使用muscle将基因X的蛋白序列进行比对,并在Jalview中进行可视化 muscle -in W-X.fas -out W-X.fas.aln -maxiters 1000 基因X序列比对 序列过长过短都会造成比对结果中产生gap,手动查看并删除造成很长gap的序列; Ctrl+F定位该保守区段在比对文件中的位置,如上图确认PGRTDN出现的起始位置为123; 在Jalview...
需要获取的基因 X 的某个保守区域序列 H 中有几个氨基酸非常保 守,先进行序列比对,定位该段保守序列,提取该段序列,考虑到取 到的序列中含有 gap 的情况,需要将获取的序列(去除“-”)重新在 物种 W 的蛋白序列中定位再次提取,保证氨基酸数目的一致;定位得 到的蛋白序列起始终止位置的坐标乘以 3 即得到核酸序列...
1、使用muscle将基因X的蛋白序列进行比对,并在Jalview中进行可视化 muscle-inW-X.fas-outW-X.fas.aln-maxiters1000 序列过长过短都会造成比对结果中产生gap,手动查看并删除造成很长gap的序列; Ctrl+F定位该保守区段在比对文件中的位置,如上图确认PGRTDN出现的起始位置为123; 在Jalview中导出筛选之后的序列比对文件。
转录的启动子区域序列保守使生物进化过程中基因的变异很小。根据查询相关公开信息显示，转录的启动子区域序列保守是在生物进化过程中基因的变异很小，保守区域指的是进化过程中不同生物体都保留下来的相似性很高的DNA序列。
保守区域是指在不同物种或个体中高度保守的基因或DNA序列区域。这些区域通常在进化过程中相对稳定,变异程度较低,因此被认为是具有重要功能的序列区域。在莫拉菌基因序列中,保守区域的研究有助于揭示其共有的基因特征和功能。 保守区域的重要性 保守区域的研究对于莫拉菌的分类、系统进化以及疾病诊断和治疗具有重要意义。
找寻保守序列的基序 在核酸/蛋白质 序列中存在有特定模式的序列片段,这些片段称为序列的基序(motif)。序列基序与序列功能密切相关。 比如在BLAST 时所说到的“精准版BLAST”,即PHI-BLAST,便是找寻序列基序。 MEME MEME 便是一款可以自动从一组相关的DNA或蛋白质序列中发现序列基序的软件。
山东大学基础医学院生物信息学课题组荣誉出品http://.crc.sdu.edu/bioinfo《生物信息学》第三章:序列比较(第三部分)寻找保守区域:序列基序MEMEMEME是一款寻找序列基序(motif)的软件。在核酸或蛋白质序列中存在一些有特定模式的序列片段,这些片段称为序列的基序(motif)。序列的基序与生物功能密切相关。比如,发生N糖...
《生物信息学》第三章:序列比较(第三部分) 寻找保守区域:序列标识图 WebLogo 如果用一句话来描述你究竟想从多序列比对中得到什么,答案是你想要找到序列中重要 的位置。说得更专业一点,就是要找到保守区域。通过多序列比对下方的星星点点可以大致 发现图 1 中两个红框中的区域比较吸引眼球,因为星星点点特别多!我们...
因为保守序列在很多近缘的物种中都是一样的. 如果是要寻找保守序列,可以先选择几个亲缘关系较近的物种,如同一科或属的其它物种.然后进行多序列比对,可利用DNAMAN或DNASTAR等生物信息学软件.相同的序列片断即有可能是保守序列. 也可以先查找相关文献,看看是否已有人研究过同样或类似物种的保守序列....
因为保守序列在很多近缘的物种中都是一样的.如果是要寻找保守序列,可以先选择几个亲缘关系较近的物种,如同一科或属的其它物种.然后进行多序列比对,可利用DNAMAN或DNASTAR等生物信息学软件.相同的序列片断即有可能是保守序列.也可以先查找相关文献,看看是否已有人研究过同样或类似物种的保守序列.