https://www.kegg.jp/ KEEGG代谢通路图解读 1、代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图中,一般就是酶,方框里面的数字代表EC编号;小圆圈代表代谢物,点开会出现C00668的信息,C代表compound,00668是这种化合物在KEGG中的编号。 2、代谢通路中(绿)和(白)底框: 一般,KEGG中存在两种代谢图: ① reference pathway,根据...
LKB1–AMPK信号通路在调节细胞代谢、增殖和生存以应对营养和能量需求的改变方面起着核心作用。LKB1–AMPK信号可促进产生ATP的分解代谢途径,并使T细胞在应对能量应激时具有代谢可塑性。通过调节代谢重编程,LKB1和AMPK有助于T细胞的分化和功能。在以下部分,我们将介绍LKB1和AMPK活性是如...
K01000:由大写K+五位数字组成,对应的是KEGG数据库中某类蛋白的编号,即某些基因注释到了该蛋白,该编号代表着这一类功能的蛋白,一个基因对应一个这种大K编号; ko01000:由小写的ko+五位数字组成,是pathway的编号,对应的是某一条代谢通路;一条通路里可以有多个...
最近看到不少文章,从kegg数据库里面的下载了86个代谢通路的1660个基因,然后就针对这些代谢基因集做后续分析。 其实这样的KEGG数据库的12大代谢通路数据挖掘文章很多,其中一个佼佼者是复旦大学邵志敏团队三阴性乳腺癌的代谢组学文章,文献标题是:《Metabolic-Pathway-Based Subtyping of Triple- Negative Breast Cancer Reve...
细胞稳态受几个关键代谢通路的协调活动调节。这些过程包括碳水化合物代谢、脂质代谢、谷氨酰胺代谢和核苷酸代谢，可维持细胞的能量状态，并提供必要的组成部分以确保适当的细胞功能。许多这些代谢通路受细胞外信号转导的调节。例如，胰岛素作为控制关键能量功能（如葡萄糖和脂质代谢）的主要激素，通过其同源受体起作用。碳水...
肿瘤微环境(TME)内的细胞表达外酶(如IDO、ARG1、CD73),消耗营养物质并产生免疫抑制代谢物(如犬尿氨酸、腺苷)。这些代谢适应与微血管紊乱共同影响TME的代谢组成,导致营养物质耗竭、缺氧、酸中毒和免疫毒性代谢物生成。 1、Hippo 信号通路 1)哺乳动物细胞中Hippo通路的核心成分 Hippo 通路由MAPK家族、MST1/2、LATS1...
KEGG中名字为特定物种种属英文缩写,比如酵母的糖酵解通路图,sce00010。 2.2 查询代谢通路 输入想要查找的通路,例如map00061或查询某一化合物的相关通路,例如Hexadecanoic acid 棕榈酸的相关通路,点击GO。 显示棕榈酸相关的所有代谢通路图,点击通路图编码或右侧图即可查看该通路图详细信息。 由上图可看出棕榈酸下游代谢...
这里以人类通路分析为例，选择完毕后，点击“Proceed”按钮继续。8. 将鼠标悬停在左侧通路分析气泡图的每个节点（圆圈）上，会显示其对应的通路名称。点击这些节点将激活右侧的通路视图。同样，将鼠标置于右侧通路视图的代谢物节点（方框）上，会揭示该代谢物的名称，而点击该节点则会触发所选化合物的复合视图。结果...
代谢通路是生物体内分子转化的有序序列,包括一系列化学反应和酶催化过程。根据功能和物质转化类型的不同,代谢通路可以分为以下几类: 1.分解代谢通路:通过酶催化,将大分子有机物分解为较小的分子,如糖类、脂肪和蛋白质的降解途径。 2.合成代谢通路:通过酶催化,将较小的有机物合成为较大的分子,如糖类、脂肪和蛋白...